Das ursprüngliche Schloss wurde im 11. Jahrhundert als Festung zum Schutz der neuangesiedelten Bayern errichtet. 1187 wird ein ein "Hartungus de Sconowe" genannt. Die Herren von Schönau treten bis zum Ende des 13. Jahrhunderts mehrfach urkundlich in Erscheinung. Dann dürften sie ausgestorben sein, denn Schönau wurde vom Landesfürsten eingezogen.

Herzog Albrecht III belehnte 1388 Heinrich VI von Wallsee mit der Herrschaft. Die Wallseer ließen Schönau von Pflegern verwalten. Im 15. Jahrhundert ist die Familie Wierand als "Vogte von Schönau" bezeugt. Da die Wasserburg mit der Sicherung des Triestingtales sowie der vorbeiführenden Nord-Süd-Verbindungen beauftragt war, hatte sie In der Zeit der Ungarn- und Türkeneinfälle schwer zu leiden.

1518 verkaufte Bernhard Zeller die Herrschaft an Veit von Zelking. Vom 16. bis zum 18. Jahrhundert gab es einen häufigen Wechsel der Eigentümer. Zu ihnen zählten Nikolaus von Draskovich (1632), Johann Baptist von Gariboldi, Karl Joseph von Lamberg (1732), Anton Dominik von Jörger (1736) und Maria Anna Grassalkovich (1793). Beim Türkeneinfall von 1683 wurde die Wasserburg der umliegenden Zivilbevölkerung als Zufluchtsstätte angewiesen, was noch auf eine angemessene Wehrfähigkeit schließen lässt. 1796 erwarb Peter Freiherr von Braun den Besitz. Er ließ das Schloss großzügig ausbauen. Braun bekam schließlich Finanzprobleme und tauschte 1817 Schönau mit der Herrschaft Alt-Erlaa, die dem jüngsten Bruder Napoleons, Jérome Bonaparte, gehörte. Dieser ließ das Schloss modernisieren. Bonaparte veräußerte das Gut 1829 an Fürst Johann I von und zu Liechtenstein.

Zehn Jahre später erwarb es der Bankier Daniel von Eskeles. Nach einigen Kurzzeit-Eigentümern, wie Koloman Graf Nako (1851), Josef Graf Ugarte (1860) und Johann Karl Freiherr von Sothen (1873) gelangte Schönau 1895 an Erzherzog Otto. Er ließ das jetzige Schloss erbauen und für die damalige Zeit modern einrichten. Seine Witwe verkaufte das Gut die Fürstin Elisabeth Windisch-Graetz. 1930 wurde Schönau an die Gräfin Olga Zedtwitz-Liebenstein verkauft. Während des Zweiten Weltkrieges waren im Schloss Dienststellen der Deutschen Wehrmacht untergebracht. Von 1945 bis 1953 hausten russische Soldaten in den Gebäuden. 1951 wurde die Baronin Alexandrine von Happack Schlossbesitzerin. Von 1965 bis 1973 wurde hier ein Durchgangslager für jüdische Emigranten aus der Sowjetunion eingerichtet. Von 1978 bis 1992 war es Sitz und Ausbildungsstätte einer Gendarmerie-Anti-Terror-Truppe. Danach ging das Schloss in den Besitz des Neffen der Frau Happack, Dipl. Ing. Georg Korb-Weidenheim, über. Mittlerweile wurden das Schloss in die Schloss Schönau Revitalisierungs- und Betriebsgesellschaft KEG eingebracht.

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