Die Grenze zu Böhmen musste gegen Ende des 11. Jahrhunderts durch eine Kette von Befestigungen gesichert werden, zu denen wohl auch ein hölzerner Turm in Schrattenthal gehörte. Der Ort scheint 1220 in einer Urkunde Herzog Leopolds VI erstmals urkundlich auf.

Die Grundherrschaft war damals landesfürstlich und wurde an Ministeriale als Lehen vergeben. Als erster Lehensnehmer wird Drusigerus de Schretentale 1245 erwähnt. Er war Truchsess Herzog Friedrichs II. 1382 erwarben die Grafen von Maidburg-Hardegg die Herrschaft und gaben sie ihrerseits als Lehen weiter. Zu ihren Lehensträgern zählten Tobias von Rohr (1427) und Ulrich I von Eitzing (1434), der 1448 Schrattenthal als Freies Eigen erwerben konnte.

In der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts hatte Schrattenthal unter den Hussiteneinfällen schwer zu leiden. Ulrich errichtete 1435 eine neue Wasserburg. Die Burg wurde in die Ortsbefestigung einbezogen. 1472 konnte Ulrichs Bruder Stephan für den kleinen Ort das Stadtrecht erwirken. 1522 wurde Michael I Freiherr von Eitzing in Wiener Neustadt als Führer der Stände wegen Rebellion und Hochverrat hingerichtet. Seine Güter wurden eingezogen aber seinem Sohn Ulrich IV wieder übergeben. Als militante Protestanten waren die Eitzinger führend am Böhmischen Aufstand beteiligt. Philipp Christoph Freiherr von Eitzing wurde nach der Schlacht am Weißen Berg 1620 geächtet. Seine Besitzungen wurden konfisziert. Mit ihm starb auch die Familie aus. Kaiser Ferdinand III übergab Schrattenthal seiner Gemahlin Eleonore von Portugal. Diese schenkte die Herrschaft 1621 ihrer Kammerfrau, Gräfin Oktavia von Strozzi.

1645 besetzten die Schweden das Schloss. 1660 erwarb Markus Putz Freiherr von Adlersthurm Schrattenthal. Er ließ die längst militärisch bedeutungslos und im Dreißigjährigen Krieg teilweise zerstörte Wasserburg im Barockstil in das heutige Schloss umwandeln. Seine Tochter Maria Theresie war mit Ludwig Reichsgraf von Hartig verheiratet. Sie vollendete bis 1719 den Bau. 1797 erwarb Johann Jakob Freiherr von Chartard die Herrschaft, verkaufte sie aber bereits sechs Jahre später an Anton August Reichsgraf von Attems. Auch er ließ einige Umbauten vornehmen. Auf die Grafen Attems folgte Friedrich Steininger (1869) und dann Theodor Freiherr von Offermann (1871) als Schlossherr. Letzterer war für etliche Umbauten und Modernisierungen verantwortlich. Prinz Friedrich von Schönburg-Waldenburg besaß das Schloss von 1911 bis 1917. Von 1917 bis 1932 war es im Besitz der Familie Schumpeter. Ab 1924 war es an Ing. Erwin Schubert verpachtet, der 1932 gemeinsam mit seiner Gattin Margarethe Schrattenthal kaufte. 1945 wurde im Schloss ein russisches Militärlazarett eingerichtet, doch zog die Besatzung 1946 wieder ab. Schrattenthal blieb bis heute bei seiner Familie.

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