Die Burg wird 1248 erstmals urkundlich genannt, doch könnte sie durchaus noch im 12. Jahrhundert errichtet worden sein. Vor 1303 befand sie sich im Besitz der Familie Payn, die sich auch Paiger nannte. Danach wurde sie an Heinrich von Wallsee verkauft. Dieser setzte Gefolgsleute als Burggrafen ein. Sie nannten sich bald Herren von Seisenegg.

1413 kam zur Herrschaft das Landgericht hinzu. Die Wallseer starben 1483 aus. Durch Heirat mit der Erbtochter kamen die Grafen von Schaunberg in den Besitz der Burg. Sie verkaufen sie bereits 1499 ihrem Pfleger Andreas Krobat von Lappitz. 1588 heiratete Christoph von Schallenberg in die Familie ein, doch wurde Seisenegg drei Jahre später an Dr. Johann Linsmayer verkauft.

Er wurde 1608 zum Freiherrn von Greiffenberg erhoben. 1664 erwarb Mathäus von Risenfels den bereits veralteten Bau und ließ ihn durchgreifend erneuern. Der Bergfried wurde beibehalten und mit einem Anbau versehen. Es entstand ein wohnliches Barockschloss. Mit der Wirtschaftskrise in den 20er-Jahren des 20. Jahrhunderts verkam die Anlage langsam. Die Familie Risenfels starb 1932 im Mannesstamm aus. Eine Tochter war mit Erzherzog Franz Salvator verheiratet. Obwohl 1960 der Bergfried noch renoviert wurde, konnte der Verfall nicht aufgehalten werden. Ab 1991 war Generalkonsul Thomas Wassibauer Besitzer von Seisenegg, der sich in der Vergangenheit sehr bemühte, das Schloss zu retten. 2005 erhielt das Schloss einen neuen Eigentümer, der das bereits wieder pflegebedürftige Schloss restauriert. Seisenegg ist zwar nicht allgemein zugänglich, doch können einzelne Räume für Veranstaltungen gemietet werden.

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