Der erstmals 1109 urkundlich zu sichernde Udalschalk von Stille war 1112 Stifter seines ererbten Grundbesitzes an ein Mönchskloster, das an der Stelle des heutigen Stiftes Seitenstetten lag. 1114 übernahmen Benediktiner aus Stift Göttweig die Verwaltung der neuen Grundherrschaft. 1116 weihte Bischof Ulrich I von Passau die neue Stiftskirche und gab dem Stift die ausgedehnte Pfarrei Aschbach zu Lehen. 1142 erhielt das Stift auch die große Pfarrei Wolfsbach. An die wehrhafte Vorgestalt des jetzigen Barockstiftes erinnert noch die in ihrem Gemäuer frühgotische Kirche und die ungewöhnlich proportionierte kleine Ritterkapelle an deren Seite.

Die in der Mitte des 12. Jahrhunderts durch Wichmann von Seeburg, als Erzbischof von Magdeburg dem Stift übertragenen, ausgedehnten Waldungen an der Ybbs, erforderten, dass dort eine christliche Zelle errichten wird und ständig Gottesdienste zu feiern sind. Aus dem Gründungsjahrhundert stammt auch bereits der erste Hinweis auf eine Klosterschule in Seitenstetten. Trotz mancher Rückschläge durch zwei Klosterbrände und durch Besitzstreitigkeiten nahm das Kloster einen allmählichen Aufschwung. 1347 zählte der Konvent 22 Mitglieder. Nach längerer Verfallszeit setzte sich mit Abt Benedikt I auch in Seitenstetten die Melker Reform durch und brachte einen Aufschwung des religiösen und kulturellen Lebens.

Der Ungarnsturm des Matthias Corvinus, die Türkensteuern, vor allem aber die Reformation, setzten dem Stift hart zu. Die Zahl der Brüder nahm rasch ab. Erst Abt Christoph Held leitete die geistige Wiedergeburt ein. Unter den folgenden Äbten hielt die Barockkunst Einzug. Baiern und Schwaben erhöhten den Mitgliederstand des Konventes. Aber erst nach dem Dreißigjährigen Krieg gelang es Abt Gabriel Sauer, das Stift wirtschaftlich zu festigen und den Konvent religiös auf einen Höhepunkt zu führen. Auch eine große Bautätigkeit konnte nun einsetzen. 1718 bis 1747 wurde der heutige barocke Stiftsbau errichtet. Die Mittel dazu lieferten vor allem das Kupferbergwerk in der Radmer und das Messinghüttenwerk Reichraming.

Nach der schweren Zeit des Josephinismus und der Franzosenkriege erlangte das Stift um die Jahrhundertwende seine höchste Blüte. Abt Theodor Springer (1920 - 1958) führte das Stift aus der Wirtschaftskrise nach dem ersten Weltkrieg heraus und rettete das Stift ohne Aufhebung durch den Zweiten Weltkrieg. Unter Abt Albert Kurzwernhart (1962 - 1984) wurden in der Stiftskirche umfangreiche Renovierungsarbeiten durchgeführt. Von 1985 bis 1991 wurde unter Abt Berthold Heigl das gesamte Klostergebäude außen vom Keller bis zum Dach restauriert. Der barocke Klostergarten gilt als Schmuckstück des Klosters und wurde Mitte der 1990er Jahre unter dem amtierenden Abt wieder belebt und öffentlich zugänglich gemacht.

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