Das Gebiet gehörte im Frühmittelalter den Salzburger Bischöfen. In einer Urkunde aus St. Florian wird 1125 ein "Sigahart de Sicinberch" erwähnt. Er dürfte der Namensgeber der Burg gewesen sein. 1186 sind die Domvögte von Regensburg aus dem Geschlecht der Lengenbacher die Eigentümer von Sitzenberg. Sie dürften es vom steirischen Herzog Otakar IV erhalten haben.

Als mit Otto V von Lengenbach dessen Familie 1236 ausstarb, wurde die Herrschaft landesfürstlich. 1252 versuchte der Salzburger Erzbischof Ansprüche auf Sitzenberg geltend zu machen. Sie wurden jedoch von König Ottokar nicht anerkannt. Vom Beginn des 15. Jahrhunderts an, waren die Herren von Wehingen Lehensträger der Burg.

1559 wurde Joachim von Schönkirchen Burgherr, dem zehn Jahre später Christoph Greiss von Wald folgte. Dieser nahm umfangreiche Ausbauten vor und gab der alten Burg den Charakter eines Renaissanceschlosses. Von 1615 bis 1649 hatten die Freiherren von Eggenberg die Herrschaft inne, doch wurde sie Franz Andreas von Eggenberg wegen hoher Steuerschulden wieder entzogen und 1651 an Johann Christoph Geyer von Geyersberg verkauft. 1687 erwarb Franz Anton Graf von Losenstein das Schloss, veräußerte es aber bereits 1692 an Freiherrn Karl Gottlieb von Aichbühel.

Dessen Nachkommen, denen es bereits nicht mehr als Lehen sondern als freies Eigen gehörte, behielten es mit einer kurzen Unterbrechung bis 1802 und ließen es in der Zwischenzeit barockisieren. Zu den folgenden Besitzern gehörte Alois Graf Clam, die Freiherren Selderer, die Ritter von Unknechtsberg sowie die Ritter von Rumerskirch. 1945 kam es zu schweren Zerstörungen. Die letzte private Eigentümerin war Baronin Valentine Springer, geb. Rothschild. Sie verkaufte das Schloss 1954 dem Land Niederösterreich. Es wurde restauriert und dient seither als Bundeslehranstalt für landwirtschaftliche Frauenberufe.

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