Bereits im 12. Jahrhundert standen an der Stelle des späteren Klosters zwei Kapellen. Erstmals erwähnt wird St. Andrä in einer Urkunde des Stifts Göttweig bereits vor dem Jahr 1091. Es dürfte an diesem Ort auch eine Burg gestanden haben. Gründer war Walther von Traisen, ein Bruder von Adalram von Waldeck, dem Gründer von Stift Seckau. In seinem Testament bestimmte Walther, dass an diesem Ort von den Augustiner-Chorherren ein Kloster errichtet werden soll. So gründete Propst Gottschalk Mitte des 12. Jahrhunderts als erster Propst eine Klostergemeinschaft.

Im 13. und 14. Jahrhundert erlebt das Kloster einen Aufschwung, in den folgenden Jahrhunderten wurde das Kloster jedoch durch verschiedene Einflüsse, wie die beiden Türkenbelagerungen 1529 und 1683 sowie die Reformation stark in Mitleidenschaft gezogen. Den Türkensturm von 1683 haben nur die Wehranlagen überdauert. Ende des 17. Jahrhunderts begann Propst Augustin Erath das Kloster wieder aufzubauen. So wurde 1726 der Grundstein für eine neue Kirche gelegt. Durch die hohe Verschuldung wurde vorerst ein Administrator installiert und 1783 der Propst von Stift Herzogenburg als Vorsteher eingesetzt. 1787 wurde das Kloster auf Grund des Josephinischen Erlässe endgültig geschlossen. In der Folge wurde das Klostergebäude verschieden genutzt. Im Jahr 1828 wurde es dem Armenfonds der Stadt Wien überantwortet und darin ein Versorgungshaus für verarmte Wiener eingerichtet. Heute wird es als Geriatriezentrum der Gemeinde Wien genutzt.

Das Kloster war von einem trockenen Wehrgraben und einer Wehrmauer mit Scharten umgeben. In der SW-Ecke der Umfassungsmauer befand sich ein zweigeschossiger Rundturm mit Kegeldach. Dieser Turm ist heute noch im Pfarrgarten erhalten. 1593 war das Stift als Zufluchtsort für die Bewohner der Umgebung bestimmt, wurde aber 1683 von den Türken erobert.

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