Im Jahr 1277 wurde das Zisterzienserinnenkloster von Neumelon nach "Chrueg im Pewreich am Teffenbach", dem heutigen St. Bernhard, verlegt. Stifter war Stephan von Maissau, der mit Margarete von Neuhaus verheiratet war. Deren Schwester Maria war 1285 Äbtissin des Stifts Sankt Bernhard. 1425 plündern die Taboriten St. Bernhard. 1427 besetzen die Hussiten abermals das Kloster und führen den Wein fort, ohne sonst Schaden anzurichten. Die Nonnen flüchten nach Horn. 1468 wird St. Bernhard von den Böhmen besetzt.

1580 löste sich das Kloster im Zuge der Reformation auf. 1586 wurde das aufgelöste Kloster mit dem dazugehörigen Gut dem Jesuitenkollegium in Wien überlassen. Nach der Aufhebung des Jesuitenkollegium 1773 gehörte es wechselnden Besitzern und verfiel teilweise, bis es 1852 nach dem Tod des Freiherrn von Ehrenfels an das Stift Klosterneuburg kam. 1947 wurde die Kirche renoviert. 1961 erfolgte die Abtragung des Kapitelsaales sowie des Kreuzgangrestes und Wiederaufstellung im Stift Klosterneuburg.

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