Die Ufersiedlung unterhalb des Frauenberges entwickelte sich ab dem 11. Jahrhundert. Erstmals wurde Stein 1144 erwähnt und vor 1200 zur landesfürstlichen Zollstätte. Im späten 13. Jahrhundert erfolgte eine Erweiterung der Stadt. Zu dieser Zeit wurde auch die Stadtmauer gebaut, die mehrere klösterliche Lesehöfe miteinbezog und um 1480 ausgebaut wurde.

Aus 1305 ist das älteste geschriebene Stadtrecht überliefert, das aber bereits aus babenbergischer Zeit stammen dürfte. Bereits damals war Stein mit der Nachbarstadt Krems über ein gemeinsames Stadtrecht und eine gemeinsame Verwaltung verbunden. Im 15. und 16. Jahrhundert erlebte die Stadt ihren Höhepunkt als Handelsstadt.

1645 wurde die Stadt im Dreißigjährigen Krieg nach einjähriger Belagerung von den Schweden erobert und anschließend von den kaiserlichen Truppen rückerobert, wobei ein guter Teil des Häuserbestandes zerstört wurde. Insbesondere wurde auch die Stadtburg beschädigt und bis zu ihrer Abtragung 1799 nicht mehr in Stand gesetzt. 1863 wurde mit der für die Stadt Stein wichtigen Zuschüttung des Kremser Donauarme begonnen. Durch die Abtragung von Teilen der Stadtmauer 1869 wurde zusätzlich Platz gewonnen.

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