Während in der älteren Literatur Stixenstein meist als Stammburg der Stüchse von Trautmannsdorf vermutet wird, gehen neuere Forschungen davon aus, dass diese Familie erst zu Beginn des 14. Jahrhunderts eine bereits bestehende Burg namens Stein erworben und in Stüchsenstein umbenannt hat. Die Errichtung der Burg dürfte im dritten Viertel des 12. Jahrhundert erfolgt sein.

Die Stüchse ließen die Feste 1347 nach einem Brand erneuern und von Burggrafen verwalten. Als der Stuchs von Trautmannsdorf Stixenstein vor 1381 an Herzog Leopold III verkaufte, wurde die Herrschaft landesfürstlich. Wenige Jahre danach wurde sie an den Hofmeister Hans von Liechtenstein vergeben. Nach dessen Sturz wurden wieder landesfürstliche Pfleger eingesetzt.

Kaiser Friedrich III gab 1478 den Auftrag, die Verteidigungseinrichtungen zu modernisieren. 1488 nahmen Truppen des ungarischen Königs Matthias Corvinus die Burg ein. Das zwei Jahre später wieder kaiserlich gewordene Stixenstein wurde nun meist als Pfand vergeben. Um 1520 übernahm Marx Treitzsauerwein von Ehrentreitz, den Pfandbesitz. 1547 löste Hans Hoyos die Herrschaft ein, die er ein Jahr später käuflich erwarb. Die bereits stark verwahrloste Burg wurde im Renaissancestil zum repräsentativen Schloss ausgebaut. Katastrophal waren die Brände von 1735 und 1802, die durch Unachtsamkeit ausgelöst wurden. 1802 blieben nur mehr die Hauptmauern stehen.

Erst in den 20er Jahren des 19. Jahrhunderts begann man mit einem halbherzigen Wiederaufbau. Graf Johann Ernst Hoyos-Sprinzenstein ließ in erster Linie die dafür besser geeignete Vorburg als Wohnsitz ausbauen. Stixenstein blieb bei der Familie Hoyos bis 1 1937. Als damals die Gemeinde Wien die für die Wasserversorgung der Stadt benötigte Quelle Stixenstein mit den umliegenden Wäldern erwarb, gelangte auch das Schloss in ihren Besitz. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurden die noch erhaltenen Gebäude weitgehend restauriert. Ein Verein der Freunde des Schlosses Stixenstein bemüht sich um seine Revitalisierung.

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