Ein Wehrbau wird erstmals zu Beginn des 13. Jahrhunderts urkundlich erwähnt, als Mitglieder des Geschlechtes der Stockhorner mehrfach auftreten. Die Familie siedelte sich um 1200 im Waldviertel an.

Die damalige Burg blieb bis 1474 bei der Familie, als sie von Stephan von Eytzing im Auftrag Friedrichs III eingenommen und weitgehend zerstört wurde. Ortolf und Ernst von Stockern hatten sich zuvor der bewaffneten Adelsopposition gegen den Kaiser angeschlossen. 1484 wurde Hans von Wullerstorf der Wiederaufbau der "gebrochenen Veste" gestattet, den dieser aber nicht durchführte. 1507 übernahm Ulrich von Haselbach die Herrschaft. Er oder sein Nachfolger ließ die Burg wieder aufbauen bzw. in ein befestigtes Schloss verwandeln.

Von 1566 bis 1769 befand sich Stockern im Besitz der Grafen Lamberg. Unter ihnen erfolgten 1576 weitere Umbauten im Renaissancestil, wodurch das Schloss weitgehend sein heutiges Aussehen erhielt. Nach den Lamberg übernahmen die Herren von Engelshofen die Herrschaft. Er 1866 starb an der Cholera. Seine jüngste Tochter Pauline, die als einzige die Cholera überlebte, heiratete einen Baron Suttner, dessen Nachkommen das Schloss Stockern heute noch besitzen. Das Schloss ist Zentrum eines großen landwirtschaftlichen Betriebes.

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