Die Wasserburg bildete mit der Wehrkirche eine Verteidigungsanlage, die vermutlich auf die Hochfreien von Url zurückgeht. Diese werden in der Zeit zwischen 1120 und 1286 häufig urkundlich genannt. Man nimmt jedoch an, dass der Vorläufer des heutigen Schlosses unter Otto IV von Lengenbach im ersten Viertel des 13. Jahrhunderts errichtet wurde.

Als Otto V 1236 ohne Erben starb, wurde St. Peter landesfürstlich. Die Schenken von Dobra bemächtigten sich der Burg, obwohl diese der letzte Lengenbacher dem Kloster Admont vermacht hatte. Erst 1277 kam es zu einem Vergleich, wobei ein Drittel dem Kloster übereignet wurde und der Rest als erbliches Zinslehen Admonts bei den Erben Dietrichs von Dobra verblieben.

Abt Heinrich II von Admont konnte 1293 gegen eine Entschädigung die ganze Herrschaft in den Besitz des Klosters bringen. Er ließ anschließend die Burg modernisieren. 1298 verpfändete Herzog Albrecht I das Gut an den Bischof von Freising. Nachdem die Verpfändung 1330 aufgehoben wurde, kümmerten sich landesfürstliche Burggrafen bzw. Pfleger um die Verwaltung. 1412 musste Reinprecht von Wallsee, der in einer Fehde mit Christian von Zinzendorf die Burg in Besitz genommen hatte, diese wieder zurückstellen. Ab 1450 kam es wieder zu häufig wechselnden Pfandherrschaften (u. a. Pankraz von Plankenstein, Hans von Rohrbach und Leonhard von Hohenfeld).

Der bekannteste Schlossherr war aber Freiherr Wilhelm Seeman von Mangern. Er ließ zwischen 1557 und 1587 die gotische Burg in ein Renaissanceschloss verwandeln. Ab 1621 befand sich St. Peter im Besitz der Gräfin Katharina von Losenstein und des Jakob von Herberstein. 1682 folgte Gottlieb Graf Windischgrätz, der eine teilweise Barockisierung des Schlosses in Auftrag gab. Bei seiner Familie blieb St. Peter bis 1845. Der nächste Schlossbesitzer war Wilhelm Freiherr von Schönewitz. Er nahm eine Restaurierung im Stil des Historismus vor, wurde aber bereits 1851 durch Arthur Graf Segur-Cabanac abgelöst. Dessen Familie behielt St. Peter bis nach dem Zweiten Weltkrieg.

Nach dem Krieg wurde das Schloss an die Gemeinde verkauft, gelangte aber bald in Privatbesitz. In den letzten Jahrzehnten wurde das Schloss weitgehend vernachlässigt. Zu einer umfassenden Renovierung kam es erst vor wenigen Jahren, nachdem es 1999 wieder in das Eigentum der Marktgemeinde St. Peter übergegangen war und für die Niederösterreichische Landesausstellung 2007 adaptiert wurde. Heute wird das Schloss in erster Linie für Veranstaltungen genutzt.

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