Waidhofen wurde von den Grafen von Pernegg als Burgstadt gegründet. 1171 wird Waidhofen erstmals in einer Urkunde genannt. Waidhofen wurde noch unter den Babenbergern um 1220 landesfürstlich und 1288 erstmals urkundlich Stadt genannt.

Waidhofen zählte zusammen mit den Städten Weitra, Litschau und Drosendorf zur Verteidigungslinie gegen das Königreich Böhmen. Bedingt durch die Grenzlage hatte Waidhofen an der Thaya immer wieder mit böhmischen Einfällen zu kämpfen. Auf Grund dieser wiederkehren Bedrohung mussten die Wehranlagen im Mittelalter laufend verstärkt werden. Die Situation beruhigte sich erst 1526 durch den habsburgischen Erwerb Böhmens und Mährens. Waidhofen blieb bis zum Jahr 1848 landesfürstliche Stadt.

Das erhöht liegende Waidhofen bestand in einer länglichen Dreiecksanlage mit einem ursprünglich großräumigen, angerartigen Platz. Die weitgehend erhaltene Stadtbefestigung aus dem Mittelalter wurde an der Ostspitze durch die Burg und auf der Westseite durch die ebenfalls im 12. Jahrhundert gegründete Pfarrkirche Mariä Himmelfahrt verstärkt.

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