1033 wurden die schon seit 955 bestehenden Besitzungen des Freisinger Bistums im Gebiet des unteren Ybbstales durch Schenkung von Kaiser Konrad II bis zur steirischen Grenze ausgedehnt. Die erste Erwähnung des Namens "waidhouen" ist in einer Urkunde von Papst Urban III aus dem Jahr 1186. Im Jahre 1215 wird erstmals der Begriff "forum" (Markt) für Waidhofen verwendet. Die Bedeutung der im 12. Jahrhundert errichteten Burg war anfangs sehr gering, da der Verwaltungssitz für die Freisinger Gebiete im oberen Ybbstal die Burg Konradsheim war. Da Konrad II Graf von Peilstein Konradsheim ohne Erlaubnis des Lehnsgebers errichtete, entbrannte ein Rechtsstreit, der erst durch das Aussterben der Peilsteiner 1218 mit Rückfall aller Besitzungen an Freising endete.

In den darauffolgenden Jahrzehnten erfolgten die erste Befestigung und planmäßiger Ausbau der Stadt. Waidhofen besitzt keine Stadterhebungsurkunde, doch wird es schon 1273 erstmals in einem Schriftstück als "civitas" (Stadt) bezeichnet. Im Zuge einer Auseinandersetzung zwischen dem Habsburger Herzog Rudolf IV und dem Hochstift Freising kam es 1360 zur Besetzung der Burg Konradsheim und der Stadt. Die Burg wurde abgebrochen, weshalb nach dem Friedensschluss 1365 Waidhofen Sitz der Freisinger Pfleger wurde.

Der Freisinger Bischof Berthold von Wehingen, ließ zwischen 1390 und 1410 das Verteidigungssystem der Stadt durchgreifend modernisieren (unter anderem Bau von 13 Türmen entlang der Mauern). 1490 kämpften die Ungarn vor den Mauern der Stadt und versuchten danach Waidhofen durch eine Belagerung in die Knie zu zwingen, was aber durch den überraschenden Tod des Ungarnkönigs Matthias Corvinus verhindert wurde. 1786 wurde die Funktion des Stadtrichters als oberster Vertreter der Stadt vom Amt des Bürgermeisters abgelöst. 1803 endete die Herrschaft Freisings und "Bayrisch Waidhofen" wurde habsburgisch. Im 19. Jahrhundert kam es zum Verfall der Befestigungsanlagen und schließlich zu deren Schleifung, um der wachsenden Stadt Platz zu machen.

Reste dieser gotischen Hochmauer kann man heute noch am Graben, bei der Bürgerspital- und Stadtpfarrkirche sowie entlang der Ybbs besichtigen. Auch die abgewinkelten Straßen bei der Stadteinfahrt Bürgerspitalkirche und der Stadtausfahrt Bezirksgericht/Ybbsturm sind Zeuge der mittelalterlichen Stadtverteidigung. Von den einstigen Türmen der Stadtbefestigung sind heute noch Ybbsturm, Lutherturm, Schlossturm sowie am Graben der Müllner-, Lachetten- und Eckhelturm erhalten.

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