Die Gegend um Wasserburg gehörte im 12. Jahrhundert dem Salzburger Erzbistum. Älteste Nachrichten von dem Ministerialengeschlecht der Herren von Wasserburg finden wir in einer Urkunde aus dem Jahr 1185, in der ein Dietmar von Wasserberg genannt wird.

Ein weiterer wichtiger Vertreter aus diesem Geschlecht war zu Beginn des 13. Jahrhunderts Heinrich von Wasserberg. Sein Sohn Dietrich stellte sich später gegen den Salzburger Erzbischof und verlor daher die Herrschaft Wasserberg. Seit der Mitte des 13. Jahrhunderts scheint Wasserburg als Passauer Lehen auf. 1283 werden Otto von Haslau und Wulfing von Arnstein als Herren von Wasserburg erwähnt. Kurze Zeit später gelangte das Schloss in den Besitz der Puchberger.

1364 nannte sich Stephan von Toppel nach der Burg. 1550 verkaufte Christoph von Toppel unter anderem auch Wasserburg an seinen Vetter Christoph von Zinzendorf. Fast 400 Jahre hindurch war Wasserburg der Familiensitz der Zinzendorf. Ludwig von Zinzendorf baute zwischen 1698 und 1718, die vermutlich bereits vor 1550 errichtete Renaissance-Wasserburg zum wohnlichen Barockschloss um. Nach dem Tod Karls von Zinzendorf 1813 ging der Besitz an Heinrich August Graf von Baudissin, der Name und Wappen der Zinzendorf annahm.

1912 verkauften die Grafen Baudissin-Zinzendorf die Herrschaft an Graf Heinrich von Fünfkirchen, der sie seinerseits 1923 an Carl Hugo Graf Seilern-Aspang veräußerte. Dieser ließ das Schloss modernisieren, doch wurde es 1945 ausgeplündert und beschädigt. Die Wiederherstellung erfolgte erst in den Jahren nach 1989. Wasserburg gehört nach wie vor der Familie Seilern-Aspang.

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