Einer gefälschten Urkunde zufolge, soll 1074 der Babenberger-Markgraf Ernst der Tapfere sein freieigenes Gut Wikkendorf dem Kloster Melk übergeben haben. 1113 bestätigte Markgraf Leopold III die Schenkung der Pfarre und des Gutes Weikendorf. Bereits zwei Jahre später weihte Bischof Ulrich von Passau die neuerbaute Kirche. Im späten Mittelalter verschlechterte sich die Sicherheitslage im äußersten Osten des Landes dramatisch. Ungarn, Hussiten und marodierende Söldner richteten große Schäden an. Kaiser Friedrich III verlangte daher 1441 eine Befestigung von Kirche und Pfarrhof.

Beide Gebäude bildeten nun eine Wehreinheit. Sie wurden mit Bastionen und einem Wassergraben umgeben. Die Mittel wurden vom Kaiser zur Verfügung gestellt. Die Pfarrkirche hatte sich schon zuvor in eine Wehrkirche verwandelt. 1473 waren die Ausbauten vollendet. Die heute noch vorhandenen Wirtschaftsgebäude stammen aus der Zeit vor 1698. 1716 beauftragte der Melker Abt Berthold von Dietmayr den Baumeister Jakob Prandtauer mit dem Neubau eines an die Kirche angebauten Schlosses, das den Pfarrhof ersetzte. Nach fünfjähriger Bauzeit war es fertig. Man nimmt jedoch an, dass es bereits einen mittelalterlichen Vorgängerbau gegeben hat. Ob hier aber jemals eine Adelsfamilie gelebt hat, ist fraglich.

Die alte Kirche war 1683 in den Kämpfen gegen Tököly durch die eigenen kaiserlichen Truppen in Brand gesetzt worden. 1689 wurde sie erneuert, der Turm war aber erst 1700 vollendet. Ihr barockes Aussehen bekam sie beim neuerlichen Umbau von 1702, der sich bis 1709 hinzog. Das für einen Pfarrhof überdimensionierte Pfarrschloss diente vorwiegend als Wohnung und Gästehaus für die zahlreichen Priester, die die Großpfarre betreuten. Heute ist hier das Pfarramt untergebracht. Daneben erfüllt es verschiedene seelsorgliche und soziale Aufgaben. Zwischen 1978 und 2001 wurde das Ensemble, das aus Kirche, Pfarrschloss und Nebengebäuden besteht, restauriert. Es gehört nach wie vor dem Stift Melk.

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