Der Babenbergerherzog Leopold V gründete als Zentrum am Schnittpunkt zweier alter Römerstraßen die Stadt Wiener Neustadt. Die erste landesfürstliche Pfalz in Wiener Neustadt entstand zeitgleich mit der Stadtmauer in den Jahren ab 1193. Die erste wehrhafte Burg entstand wahrscheinlich erst unter Herzog Friedrich II, dem Streitbaren (1230 – 1246) in der Südostecke der Stadtmauer. Die Burg diente Friedrich bei seinen zahlreichen Fehden häufig als Zufluchtsort. Als sie 1260 urkundlich erstmals erwähnt wurde, besaß sie bereits vier Ecktürme. 1253 ließ König Ottokar die Ringmauer abtragen, doch wurden sie gegen Ende des 13. Jahrhunderts neu errichtet.

Die Erdbeben von 1348 und 1356 ließen die Mauern der Burg einstürzen und diese unbewohnbar machen. 1378 wurde daraufhin mit einem Neubau der Burg begonnen. Bauherr war Leopold III von Habsburg. Im Vertrag von Neuberg fiel Wiener Neustadt 1379 wieder an die Steiermark und wurde Residenz der österreichisch-steirischen Linie der Habsburger. Da Matthias Corvinus 1485 Wien eroberte, floh der Kaiser nach Wiener Neustadt. Als die Ungarn 1486 mit der Belagerung von Wiener Neustadt begannen, residierte Friedrich III bereits in Linz. Nach fast zwei Jahren mussten sich die Verteidiger ergeben.

Einige Monate nach dem Tod des ungarischen Königs im Jahr 1490 gelang es den besetzten Gebieten Österreichs und der Steiermark die ungarische Herrschaft abzuschütteln. Unter Friedrichs Sohn, Kaiser Maximilian I verlor die Burg wieder ihren Charakter als ständige Residenz. 1529 gelang es den Türken nicht Stadt und Burg einzunehmen. 1595 wurde die Burg, die zuletzt nur mehr als Gefängnis für prominente Häftlinge gedient hatte, neuerlich kaiserliche Residenz. Bevor er einzog, ließ Erzherzog Maximilian III eine gründliche Renovierung durchführen. In den Jahren 1608 und 1616 richteten zwei Brände schwere Schäden an. 1631 schenkte Kaiser Ferdinand II seinem Sohn Erzherzog Leopold Wilhelm die Burg. Dieser ordnete sofort größere Umbauten an, die den Wohnkomfort verbesserten.

Mitte des 18. Jahrhunderts brach eine pestartige Epidemie aus. Wegen der Infektionsgefahr blieb die Burg noch zwei Jahre nach Abzug der Überlebenden gesperrt. Sie verwahrloste und wurde kaum mehr benützt. Lediglich ein Burggraf und sieben Bedienstete wohnten darin. Als 1752 die Theresianische Militärakademie in der Burg eingerichtet wurde, führte der Wiener Baumeister Matthias Gerl umfangreiche Umbauten durch. 1768 kam es zu einem neuerlichen schweren Erdbeben, das den Bau unbewohnbar machte. Drei der vier Türme mussten abgetragen und die alten Holzbrücken über den nun trocken gelegten Burggraben durch Steinbrücken ersetzt werden. Die von Niccolo Pacassi und Josef Gerl geleiteten Arbeiten an der Burg dauerten bis 1777.

Im 19. Jahrhundert fanden immer wieder Ausbauten und Modernisierungen statt. 1918 wurde die Militärakademie geschlossen. Von 1919 bis 1933 dienten die Gebäude als eine Bundeserziehungsanstalt für Knaben. Erst ab 1934 wurden hier wieder Offiziere ausgebildet. Im Bombenkrieg von 1944/45 wurde auch die Burg durch 80 Bombentreffer vernichtet. Nach einem Brand, der am 3. April 1945 ausgebrochen war und fast zwei Wochen andauerte, war praktisch alles Brennbare verbrannt. Lediglich die Außenwände standen noch. In den Jahren 1946 bis 1958 wurde das Gebäude etwas vereinfacht wieder aufgebaut. Danach nahm die Militärakademie ihren Betrieb wieder auf. Die Burg war stets landesfürstlich und befindet sich auch heute noch in Staatsbesitz.

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