Die Gegend um Wolfstein gehörte im 11. und 12. Jahrhundert einem hochfreien Zweig der Kuenringer. Zu Beginn des 13. Jahrhunderts besaß die Familie Wolfstein, die allerdings nur mehr Ministerialen-Status besaß, große Gebiete im Dunkelsteiner Wald als Lehen der bayrischen Herzöge. Auf der Burg setzten sie Pfleger ein.

1217 wird ein Perchtold von Wolfstein genannt, der zu den Gefolgsleuten der Kuenringer gehörte. 1355 starb die Dürnsteiner Linie der Kuenringer aus. Die Erbtochter Anna brachte das bayerische Lehen in ihre Ehe mit Heidenreich von Maissau ein. Bis in das 15. Jahrhundert hinein war Wolfstein Sitz eines Landgerichtes. Um 1430 gelangte die Herrschaft an die Tursen von Tiernstein und gegen Ende des 15. Jahrhunderts an die Familie Mühlwanger.

Danach kam es zu einem mehrfachen Besitzwechsel zwischen den Geyer von Osterburg (1542) und den Starhembergern. Nach der Schlacht am Weißen Berg 1620 wurden auch die Besitzungen des protestantischen Ludwig von Starhemberg konfisziert. Wolfstein kam zuerst pfandweise und 1630 durch Kauf an das Stift Göttweig. Der bayrische Herzog verzichtete auf seine Lehensrechte, so dass Wolfstein freies Eigen des Klosters werden konnte. Es verlor jedoch an Bedeutung, da Göttweig den Herrschaftssitz von der Burg in den günstiger gelegenen Gurhof verlegte. Die Burg war ohnehin schon sehr verfallen, so dass man die 1392 genannte Burgkapelle in den Torbau verlegen musste. Die übrigen Gebäude wurden bald zu Ruinen. 1993 erwarben Andrea und Helmut Mayr die schon sehr verkommene Anlage. Sie sicherten die Mauern und machten Teile der Vorburg wieder bewohnbar.

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