Die Burg Wolkersdorf wird 1178 erstmals urkundlich erwähnt. Die Wolkersdorfer waren eine Seitenlinie der Herren von Ulrichskirchen. Wolkersdorf war damals ein Passauer Lehen.

Herman d. Ä. von Wolkersdorf schenkte 1241 und 1281 Teile seines Besitzes dem Stift Zwettl bzw. den Johannitern von Mailberg. Wernhard von Wolkersdorf kämpfte an der Seite Rudolfs I, so dass seine Burg 1275 von König Ottokar belagert wurde und sich schließlich ergeben musste. 1334 starben die Herren von Wolkersdorf aus. Etwas später scheint die Herrschaft als Lehen der Burggrafen von Nürnberg auf. Die Lehensinhaber wechselten nun relativ rasch. Um 1400 gehörte die Burg dem niederösterreichischen Landmarschall Ulrich von Dachsberg.

1423 erbten Gundacker und Kaspar von Starhemberg den Besitz, der damals zur Herrschaft Seefeld gehörte. 1488 gelang es Matthias Corvinus Wolkersdorf einzunehmen. 1529 wurde die Burg von Julius Graf Hardegg gegen die Türken verteidigt. Anna, die Gattin Kaiser Ferdinands I, kaufte 1542 die Anlage und widmete sie dem Hofspital. 1706 ließ Kaiser Karl VI die Burg zum barocken Schloss umbauen, wobei aber die mittelalterlichen Bauteile beibehalten wurden. Nachdem das Hofspital 1800 aufgelassen wurde, kam das Gebäude an einen Spitalfonds, verfiel jedoch zum Teil. 1816 musste der Südtrakt wegen schlechter Fundamentierung abgebrochen werden. Hugo Graf Abensberg-Traun erwarb 1870 Schloss Wolkersdorf, verkaufte es aber 1884 an die örtliche Sparkasse. Seit 1969 gehört es der Stadtgemeinde Wolkersdorf. Im Gebäude sind hauptsächlich kulturelle Einrichtungen sowie Ausstellungsräume und Ateliers untergebracht.

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