In Ybbs bestand bereits in der Römerzeit eine Verteidigungsanlage. Die während der Völkerwanderung verfallene Anlage wurde durch die Karolinger wieder aufgebaut. Um diese Befestigungsanlage entwickelte sich nach und nach die Stadt. Im 11. Jahrhundert erhielten die Babenberger Ybbs, das von nun an landesfürstlich war. Nach deren Aussterben kam die Stadt im 13. Jahrhundert in den Besitz der Habsburger.

Als im 14. Jahrhundert im Rahmen der Stadterweiterung eine neue halbkreisförmige Stadtmauer angelegt wurde, errichtete man auch an der Innenseite des Stadtgrabens die landesfürstliche Burg. Sie war in die Stadtbefestigung integriert. Die Burg war auch Sitz des jeweiligen Pflegers.

1494 gelangte die Burg vorübergehend in den Besitz der Stadt, wurde aber bald wieder landesfürstlich. Kaiser Ferdinand I übergab sie 1522 an Gabriel von Salamanca, der sich bald Graf von Ortenburg nennen durfte. Aus dem Jahr 1533 ist eine Beschreibung der Burg erhalten, nach der sie bereits 32 Jahre ohne Dach sei. 1535 verpfändete Ferdinand I die verödete Burg an den Mauteinnehmer Nikasius Prunner. Von seiner Witwe kam der Bau 1539 an den Schulmeister Balthasar Maus. 1546 wurde Christoph Viechter der nächste Pfandherr. Ab 1622 war Hans Schröttel von Schrottenstein sein Nachfolger. Ab 1643 diente die Burg nur mehr als Speicher. Schließlich durfte sie der Stadtpfarrer Rudolf Richter ab 1652 als Schulgebäude verwenden.

Um 1660 wurde das Gebäude abgerissen und als Schloss neu errichtet. 1741 diente es dem bayerischen Kurfürsten Karl Albert als Hauptquartier. Sowohl 1805 als auch 1809 richteten die Franzosen, die hier hausten, größere Schäden an. Anlässlich deren Behebung wurde auch das heutige Flachdach aufgesetzt. Im 19. Jahrhundert wurde die Anlage neuerlich verpachtet und in Mietwohnungen aufgeteilt. Eine Restaurierung wurde 1995 abgeschlossen. Seither dient die ehemalige landesfürstliche Burg als Krankenpflegeschule.

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