Zistersdorf wird 1160 erstmals urkundlich erwähnt. Damals belehnten die Hochfreien von Pernegg die Kuenringer mit der Siedlung. Mitte des 13. Jahrhunderts wurde die von den Kuenringern gegründete Stadt bereits als mit Stadtmauern umgeben beschrieben. In diese Zeit fällt auch die Verleihung des Stadtrechtes. Zistersdorf war eine bedeutende Grenzfeste in der ehemals verkehrstechnisch wichtigen Lage.

Nachdem der letzte Kuenringer 1594 verstorben war, wurden die Pottendorfer, später bis zum Jahre 1810 die Grafen von Althan die Stadtherren von Zistersdorf. Hervorzuheben ist hier Rudolf von Teuffenbach, der in der Stadt den Ausbau des Schlosses, ehemals eine mittelalterliche Eckburg, vorantrieb, sondern auch ein Spital und das Franziskanerkloster gründete.

Der Ort und seine Umgebung waren mehrmals Opfer feindlicher Einfälle, so wurden im 15. Jahrhundert große Teile des Weinviertels von den Hussiten heimgesucht und geplündert, darunter auch Zistersdorf. Gegen Ende des Dreißigjährigen Krieges zog der schwedische General Torstensson nach seinem Sieg bei Jankau 1645 eine Spur der Verwüstung bis nach Wien, wobei er mit seinem Heer auch in Zistersdorf einfiel. 1706 fielen die Kuruzzen unter Graf Simon Forgatsch in Zistersdorf ein.

Die mittelalterliche Stadtbefestigung, eine bewehrte Ringmauer über terrainbedingt ovalem Grundriss, war ursprünglich von einem Wall und einem Graben umgeben. Ab 1723 wurde der äußere Mauerbereich verbaut. Anfang des 19. Jahrhunderts wurden die Wälle abgetragen, der Graben zugeschüttet und die Tore abgebrochen. Dabei wurde der Turm des südwestlichen Tors in die Stadtburg miteinbezogen. An der Nord- und Westseite ist die Mauer durchgehend erhalten, aber zum Teil verbaut und durch jüngere Einbrüche gestört. An der Nordseite liegt das sogenannte Jüngere Tor mit einer Treppenanlage, die zum Alten Markt führt.

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