Mit Gottschalk Aboltinger, einem zu Starhemberg verpflichteten Ritter, wird die Burg 1355 erstmals genannt. 1375 wird ein Ulrich, um 1400 ein Wernhart und danach ein Seyfried und Konrad Ainwalding genannt. 1443 ist die Burg im Besitz von Leonhart Ainwalding.

1467 belehnt Kaiser Friedrich III Tibold Aspan und seinen Bruder Siegmund Anwaldinger mit dem Sitz. Ein Alexander Anwaldinger gilt als letzter der Familie. Er war mit Amalia Ennenkl vermählt, die 1566 als Witwe starb. 1574 war Ainwalding im Besitz von Hanns von Fuerttenbach. 1648 kam Ainwalding in den Besitz von Tobias Nütz von Goisernburg. Der unbelehnte Sitz wurde damals an Matthias Adam Ramspeckh verkauft.

Die alte Burg war bereits baufällig geworden und wurde abgerissen und an ihrer Stelle ein Schloss erbaut. 1699 ging das Gut an Wolfgang Moser über. Dessen Tochter verkaufte 1722 Ainwalding ihrem Bruder Wolf Karl Moser. 1730 kaufte Johann Albrecht Reichsgraf St. Julien die Herrschaft. Auf ihn folgt 1754 Johann Ignaz von Gehlen. 1789 verkauft der seit 1766 firmierende Inhaber des Schlosses, Johann Georg Grechtler, den Sitz an Freiherrn Thaddäus von Reischach. 1847 erwirbt Ludwig von Ratzenberg den Sitz. 1856 brannte das Schloss teilweise ab.1866 ging das Gut in bäuerlichen Besitz über. 1880 wurde das Schloss unter der Familie Neumayr ein Gasthaus. Heute ist es noch immer im Besitz der Familie und wird "Moar z'Ainwalding" genannt.

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