Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes Braunau ("Prounaw") stammt aus dem Jahr 1110. Die Stadtgründung erfolgte 1260 durch Herzog Heinrich XIII von Bayern. Auf dessen Befehl erbaute Heinrich von Rohr in diesem Jahr eine Burg und als erste systematische Befestigung der Stadt einen Wehrgang. Beim großen Stadtbrand 1380 wurde die hölzerne Stadt der Gründungszeit völlig zerstört. Herzog Stephan III befahl umgehend den Wiederaufbau der Stadt. 1504 wurde die Stadt von den Pfälzern beschossen und kurzzeitig besetzt. 1620 wurde die Stadtbefestigung von Braunau ausgebaut. Zwischen 1672 und 1676 wurde die Stadt unter dem bayerischen Kurfürsten Ferdinand Maria nach französischem Vorbild mit Bastionen neu befestigt.

Beim bayerischen Bauernaufstand 1705 wurde Braunau von österreichischen Truppen eingenommen. Im österreichischen Erbfolgekrieg 1743 war Braunau wiederholt Kriegsschauplatz. Nach der vernichtenden Niederlage der Bayern in der Schlacht bei Simbach belagerten die Österreicher Braunau sechs Wochen lang. Danach ergab sich die Festung Braunau. 1779 wurde im Friedensvertrag von Teschen das bisher zu Bayern gehörende Innviertel den Habsburgern zugesprochen. Zwischen 1800 und 1810 wurde Braunau mehrmals durch französische Truppen besetzt. 1808 kam es zur Schleifung der Festungsmauern. Von 1810 bis 1816 gehörte das Innviertel und somit auch Braunau wieder kurzzeitig zu Bayern.

Heute sind noch die um 1620 errichteten Festungsmauen entlang des Inn und der Enknach erhalten. Sie wurden beim bastionären Ausbau (1672 bis 1676) durch Halbbastionen verstärkt und durften auch bei der Schleifung der Festung im Jahre 1808 nicht abgetragen werden, da sonst die Altstadthäuser abgerutscht wären. Diese Mauer zeugt noch heute von der Wehrhaftigkeit der Festung Braunaus. Auch der Stadttorturm der das Salzburger Tor umschließt sowie das Wassertor sind noch vorhanden.

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