Eggenberg scheint mit Tiemo von Eggenberg 1287 erstmals urkundlich auf. Die Herren von Eggenberg blieben bis 1402 im Besitz des Wasserschlosses. Die Herrschaft war seit 1220 landesfürstlich. Damals hatten die Babenberger die Lehenshoheit vom Bistum Würzburg übernommen. Die Eggenberger standen als Ministeriale im Dienst des jeweiligen Landesherrn.

Nach ihnen wurde Reinprecht von Wallsee mit der Herrschaft belehnt. 1464 verpfändete Wolfgang von Wallsee Eggenberg an Siegmund Kirchberger. Von den Kirchbergern ging es1527 an Johann Fernberger über. Als Anhänger des Protestantismus verlor Karl Ludwig Fernberger in der Gegenreformation seinen Besitz.

Zu den rasch wechselnden Schlossherren in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts gehörten Adam Graf Herberstorff (1625), Wenzel Reichard von Sprinzenstein (1649) und Hans Ludwig Graf Kuefstein (1651). Preisgott Graf Kuefstein verkaufte Eggenberg 1680 dem Abt Ehrenbert Schreyvogel vom Stift Kremsmünster. Die Herrschaft blieb nun bis zur Aufhebung der Grundobrigkeit im Jahr 1848 beim Stift. Dieses verkaufte aber 1681, die bereits im 14. Jahrhundert erwähnte Schlossbrauerei samt Meierhof an den ehemaligen Schlossverwalter Michael Weismann. 1801 übernahm Johann Georg Forstinger die Brauerei. Er konnte sechs Jahre später auch das bereits im Auftrag von Abt Wolfgang teilweise abgetragene Schlossgebäude übernehmen. 1877 vernichtete ein Großbrand Schloss und Meierhof. Beides wurde als Betriebs- und Verwaltungsgebäude der Brauerei wieder aufgebaut. Durch Heirat gelangte die Familie Stöhr 1945 in den Besitz von Schloss und Brauerei.

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