Ein Walter von "Goczynesdorf" scheint 1180 in einer Urkunde des Stiftes Wilhering als Zeuge auf. Die Herren von Götzendorf waren Ministeriale der Passauer Bischöfe, auf deren Grund und in deren Auftrag sie auch die Burg erbaut haben dürften.

Als die Familie mit Jakob von Götzendorf 1422 ausstarb, ging die Herrschaft durch Heirat je zur Hälfte an Heinrich von Viechtenstein und Jörg den Hausenberger über. Martin von Oedt erwarb 1453 und 1455 die beiden Hälften. In der Folge konnten er und seine Nachkommen die Herrschaft durch Zukäufe weiter ausbauen. Hans Christoph Freiherr von Oedt ließ die alte Burg zum herrschaftlichen Schloss ausbauen. Johann Christoph Heinrich Graf Oedt kümmerte sich nur wenig um seine Mühlviertler Herrschaft, so dass schließlich über diese der Konkurs verhängt wurde.

Nach dem Tod seines Sohnes Johann Christoph verkauften die Vormünder seiner Kinder Götzendorf 1758 an Johann Nepomuk Friedrich Graf Lamberg. Die Lambergs residierten in Steyr. Götzendorf diente nur zur Kapitalanlage. Der Grundbesitz wurde stückweise verkauft. 1899 brannte das Schloss ab und wurde 1901 nur mehr zum Teil wieder aufgebaut. Reichsgraf Karl Emil von Lamberg verkaufte es 1912 an die Gemeinde Oepping. Diese benützt die erhaltenen Teile seither als Schul- und Pfarrhaus. Die Schlosskapelle dient als Ortskirche.

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