Dem Schloss sieht man es nicht an, dass hier bereits im Hochmittelalter ein Wehrbau bestand. Schon 1088 wird ein "Hartwicus de Hagenowe" urkundlich erwähnt. Der Passauer Bischof Reginhart von Hagenau ließ in den Jahren 1139 bis 1148 die kleine Anlage in Stein erneuern und vergrößern.

Reginhart nahm 1147 an einem Kreuzzug ins Heilige Land teil, von dem er nicht mehr zurückkehrte. Mit ihm starb die erste Familie Hagenauer aus. Das Passauer Bistum übergab die Verwaltung der Burg an ein Ministerialengeschlecht, das sich nun ebenfalls nach Hagenau nannte. Sein letzter Vertreter war Ludwig von Hagenau, der 1262 starb. Danach gelangte die Burg für kurze Zeit an die Grafen von Ortenburg, die ihren Ministerialen Konrad von Steinkirchen damit belehnte.

Aber schon 1270 war die Herrschaft ein Lehen der bayrischen Herzöge, die es an die Herren von Törring vergaben. Zu Beginn des 14. Jahrhunderts übernahmen die Ahamer das Lehen. Bei dieser Familie blieb es bis in das 16. Jahrhundert. Georg II von Aham war um 1503 Rat des Herzogs Albrecht. Sein Nachfolger Christoph II verkaufte 1525 Schloss und Hofmark an Wolfgang Thaimer. Als das Gebäude in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts durch Brand schwer beschädigt worden war, ließ es Gundaker Thaimer im Renaissancestil neu errichten. Kurfürst Maximilian von Bayern schenkte das Schloss 1635 seinem Leibarzt Dr. Ferdinand Schütz. Dieser durfte sich danach "von und zu Hagenau auf St. Peter" nennen und seinen bisherigen Namen weglassen.

1710 fiel die Herrschaft an den Grafen Ferdinand Josef von Rheinstein und Tattenbach, wurde aber bereits 1722 von Johann Franz Graf Franking erworben. Das mittlerweile baufällig gewordene Schloss musste zwischen 1717 und 1728 teilweise erneuert werden. 1829 ging Hagenau als Erbschaft an Paul Anton von Handel. 1881 erfolgte eine neuerliche Umgestaltung des Schlosses. 1919 ließ es Max Freiherr von Handel in ein Schlosshotel umwandeln. Das Gebäude befindet sich noch heute in Familienbesitz. 2001 erfolgte eine umfassende Restaurierung. Seither dient das Schloss als überregionales Kulturzentrum.

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