Irnharting wird als kleiner Wehrbau 1349 erstmals urkundlich erwähnt. Damals wurde er von Ritter Ulrich von Tann bewohnt, der ihn als Lehen des Bischofs von Passau besaß. 1372 wird ein Peter von Prukk als Burggraf von "Yermhaerting" bezeichnet.

1399 verlieh Bischof Georg von Passau die "vest Irmharting" dem edlen Hans Meurl. Nach 1497 gelangte Irnharting an Sigmund Ludwig von Polheim, der 1513 Sigmund Jagenreuter als Pfleger einsetzte. 1518 verkauften die Polheimer die Herrschaft an Sigmund Schifer zu Freiling. Während der oberösterreichischen Bauernkriege wurde das Schloss verwüstet und geplündert. 1592 erwarb Hans von Preising den Besitz, verkaufte ihn aber bereits 1598 an Sigmund Ludwig II von Polheim. 1633 kaufte Freiherr Johann Paul Spindler die Herrschaft.

Irnharting blieb als Fideikommiss bis zu ihrem Aussterben im Jahr 1802 im Besitz der Grafen Spindler. Als 1805 das Bistum Passau durch die Säkularisation seinen gesamten weltlichen Besitz in Österreich verlor, wurde Irnharting vorerst vom Religionsfonds übernommen. 1827 ersteigerte sie Julius von Schmelzing. Durch einen Großbrand entstanden 1865 schwere Schäden, die anschließend nicht mehr im vollen Ausmaß behoben wurden. Hugo von Schmelzing verkaufte das Schloss 1873 an Friedrich Steininger, der es vier Jahre später an die Familie Uitz weitergab. Carl von Uitz und seine Nachkommen ließen verschiedene neugotische Umbauten durchführen. 1949 und 1953 kaufte Marie Fischer von Ankern bzw. Josef Fischer von Ankern den nach wie vor recht großen Gutsbetrieb und bewirtschafteten ihn bis heute.

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