Um das Jahr 1230 ist als erster Inhaber der Herrschaft Kremsegg die Familie Rote bezeugt. Kremsegg war damals zu 2/3 ein landesfürstliches Lehen, während das restliche Drittel von den Losensteinern verliehen wurde. Da die beiden Lehen später unterschiedlich vergeben wurden, kam es 1456 zu einem Streit zwischen Andreas Rot und Nikolaus Panhalm. Er wurde zugunsten der Familie Rot geregelt.

Durch Heirat der Barbara Rot mit Andreas Grünthaler gelangte Kremsegg an dessen Familie. Die Grünthaler bauten den bis dahin bescheidenen Sitz im 16. Jahrhundert zu einer stattlichen Burg aus. Als unbeugsamer Protestant war Wolf Niklas Freiherr von Grünthal 1627 zur Auswanderung gezwungen. Er verkaufte die Herrschaft dem Abt Anton Wolfrat vom benachbarten Stift Kremsmünster.

Dieser ließ noch im selben Jahr Kremsegg in ein wohnlicheres Schloss verwandeln. Der große Umbau im Barockstil erfolgte aber erst zwischen 1704 und 1709 unter Abt Martin Resch. Abt Alexander Strasser ließ die Arbeiten bis 1726 fortsetzen. 1807 wurde der Schlossturm vom Blitz getroffen und brannte aus. Da das Schloss zu diesem Zeitpunkt in erster Linie als Landwehrkaserne und Militärdepot diente, verzichtete man auf die Wiederherstellung des Turmes. Das Stift Kremsmünster behielt Kremsegg bis 1849 und verkaufte es dann an Franziska von Zimmermann. Danach folgten u. a. Graf Alfred Bulgarini (1865), Gräfin Wolkenstein-Trostburg (1869) und Gräfin Therese von Kinsky (bis 1973). Danach übernahm Ing. Werner Lutzky das Schloss. Seit Kremsegg 1996 wird das Schloss vom Verein Musica Kremsegg verwaltet.

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