Das Kloster wurde 777 vom bayerischen Herzog Tassilo III gegründet. 782 kam Kremsmünster unter die Reichsverwaltung der Pipiniden, Kaiser Karl machte aus Kremsmünster eine Reichsabtei. Nach den Verwüstungen der Ungarnstürme im 10. Jahrhundert wird Kremsmünster unter Heinrich dem Zweiten als landesherrliche Abtei wiedererrichtet.
Mitte des 15. Jahrhunderts dürfte die Klosteranlage ihre heutige Ausdehnung erreicht haben. Es folgen Um- und Neubauten, die nach der Reformation und der Abwehr der Türkengefahr entstehen. Unter Benutzung älterer Bestandteile entstand ab der Mitte des 17. Jahrhunderts eine umfangreiche Anlage, die neben dem Stift Melk zu den größten Österreichs gehört.
Die erste Befestigung des Stiftes entstand unter Abt Friedrich I von Aich (1275 bis 1325). Er lies die gefährdete Nordflanke durch vorgelagerte Bauten vor Angriffen schützen. Unter Abt Christian von Ottsdorf (1346 bis 1349) erbaute man den ersten Wehrturm. Abt Jakob Treutkhofer (1419 bis 1454) lies die Befestigungsanlagen weiter ausbauen. Der Wehrturm wurde erhöht und der Gebäudekomplex, der sich entlang des Wassergrabens nach Norden hin zog, wurde vergrößert. Unter Abt Ulrich IV Schoppenzaun (1454 bis 1484) wurde ein weiterer Turm und eine starke Wehrmauer zum Schutz vor Angriffen erbaut. Abt Wolfgang I Widmer (1488 bis 1500) wirkte im Sinne Schoppenzauns weiter und umschloss das innere Geviert des Stifts mit einem festen Wall.
Abt Gregor Lechner, der sein Amt 1543 antrat, lies Aufgrund des immer näher rückenden Türkensturms die Befestigungsanlagen verstärken und auf dem neuesten Stand bringen. Zunächst entstand an Stelle des alten Wehrturms ein fester, innen gewölbter Turm. 1546 errichtete man die wuchtige äußere Mauer rund um das Stift, die fünf Türme an den taktisch entscheidenden Positionen aufwies. Sogar der Wassergraben wurde mit Quadersteinen ausgemauert. Zum Schutz der Ostflanke lies Abt Gregor an der Nordstrecke des Stiftes einen mächtigen Rundturm erbauen. Unter Abt Erhard Voit (1571 bis 1588) wurde die Klosterburg mit einer größeren Rüstkammer ausgestattet. Der Brückenturm wurde erhöht und der Konventgarten mit einer Mauer versehen.
Sein Nachfolger, Abt Johannes III Spindler, lies die "Burg" weiter befestigen. Er lies den Brückenturm, von nun an "Spindlerturm" genannt, weiter ausbauen und die Schäden an den Ringmauern beheben. 1596 wurde Kremsmünster erstmals, als ein 4000 Mann starker "Bauernhaufen" die "Festung" belagerten, getestet. Die Bauern zogen nach einigen Tagen der Belagerung wieder ab. 1626, als die Bauern unter der Führung von Stefan Fadinger wieder an die Tore des Stifts pochten, musste ihnen Abt Anton Wolfradt diese öffnen, da die rund 400 Mann der Verteidigung das Stift fluchtartig verlassen hatten. Unter Abt Plazidus Buechauer (1644 bis 1669) wurden die Verteidigungsanlagen aus angst vor den Schweden überprüft und dann instand gesetzt.
In der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts begann das Stift seine wehrhaften Konturen zu verlieren. Den entscheidenden Beitrag liefernden die Äbte Plazidus Buechauer und Erenbert II Schrevogl (1669 bis 1703), die das Stift nach und nach barockisieren ließen und ihm weitgehend die heutige Gestalt verliehen.
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