Um 900 soll Kreuzen bereits der Bevölkerung als Fliehburg gedient haben. 1125 wird ein "Pilgrim von Creutzen" erwähnt. 1209 ist "Hermannus de Krucen" als Burgherr bezeugt.

Das ab 1282 landesfürstliche Lehen wurde von der Familie der Volkenstorfer gehalten. Die Anlage bestand seit der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts aus zwei selbständigen Burgen, dem vorderen und dem hinteren Haus. Die Teilung erfolgte unter den Brüdern Hans und Alber. Bis 1482 verblieben beide Häuser im Besitz der Volkenstorfer. Die Familie starb 1489 mit Hadmar von Volkenstorf aus. Dieser hatte aber bereits sieben Jahre zuvor Herrschaft und Burg an die Brüder Siegmund und Heinrich von Prüschenk verkauft.

Um 1518 wurde die vordere Burg an Adam Schweinböck veräußert. Er verkaufte sie zehn Jahre später an Helfrich von Meggau und kaufte nun die hintere Burg. 1532 gab er auch diese an Helfrich von Meggau ab. Ein Jahr später wurde das bisherige Lehensverhältnis beendet und der Besitz zum freien Eigen erklärt. Mit dem Tode von Leonhard Helfrich Graf Meggau erlosch 1644 diese Familie. Über seine Tochter Anna kam Kreuzen an ihren zweiten Gatten Karl Gottfried Graf Breuer und schließlich an dessen Schwager Siegmund Ludwig Graf Dietrichstein. Im Jahre 1682 flüchtete Kaiser Leopold II mit seinem Hofstaat vor der Pest von Wien nach Kreuzen. Dieses blieb nun bis in die zweite Hälfte des 20. Jahrhunderts mit der Herrschaft Greinburg vereinigt. Rudolf Graf Salburg ließ 1776 einen Teil der hinteren Burg abtragen.

Da Kreuzen längst kein Herrschaftssitz mehr war und die eingesetzten Pfleger sich kaum um die Erhaltung der Bauten kümmerten, setzte im 19. Jahrhundert der Verfall ein. Durch einen großen Brand im Jahre 1880, der den Dachstuhl der vorderen Burg vernichtete, wurde Kreuzen vollends zur Ruine. 1965 verkaufte die Familie Coburg-Gotha diese an den Bürgermeister von Bad Kreuzen Ferdinand Riegler. 1974 ging sie in den Besitz des Fremdenverkehrsverbandes Kreuzen über. Seit 1983 wurde die Anlage saniert und zum Teil wiederaufgebaut. Burg Kreuzen dient nun als Radler- und Jugendherberge sowie als Kulturzentrum.

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