Gegen Ende des 10. Jahrhunderts errichtete das aus Bayern stammende Geschlecht der Grafen von Wels-Lambach hier seinen Stammsitz. Graf Arnold II stiftete um 1040 in seiner durch ein Erdbeben beschädigten Burg eine Niederlassung für 12 Kanoniker.

Sein Sohn Adalbero, Bischof von Würzburg, der letzte der Traungauer Grafen wandelte 1056 das väterliche Erbe in ein Benediktinerabtei um und besiedelte sie mit dem Seligen Abt Egbert und Mönchen von Münsterschwarzach. 1061 bestätigte König Heinrich die Schenkung. In den Kämpfen zwischen dem Babenberger Friedrich II und dem Bayernherzog Otto wurde die alte Burganlage 1233 niedergebrannt. Die Anlage wurde erst 1257 in gotischer Form wiederaufgebaut.

Unter Abt Placidus Hieber (1640–1678) erhielt das Stift durch wesentliche Zubauten seine heutige Form. Abt Severin Blaß (1678–1705) ließ die Befestigungsanlagen um das Stift abbrechen. Unter Abt Maximilian Pagl (1705–1725) wurde der Nordtrakt mit Ambulatorium und dem Sommerrefektorium errichtet. 1784 hob Kaiser Joseph II das Stift auf. Nach wenigen Jahren erreichte Abt Amand Schickmayr die Wiederherstellung des klösterlichen Lebens. 1800, 1805 und 1809 hatte das Kloster unter französischer Besatzung zu leiden. Ab 1941 war eine nationalsozialistische Erziehungsanstalt in der Anlage untergebracht. Nach dem Krieg kehrte der Konvent wieder zurück. Von 1972 bis 1982 sowie von 1992 bis 1994 errichteten die Architekten Hans Puchhammer und Gunther Wawrik Erweiterungsbauten unterhalb des Klosters.

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