Das "castrum morspah inferioris" wird mit "Raffoldus de morspah" 1075 erstmals schriftlich erwähnt. Allerdings handelt es sich bei dieser Urkunde um eine Fälschung. Gesichert ist jedoch Wernhard von Mortspach 1161. Die Burg gehörte den Bischöfen von Passau und wurde von ihnen als Lehen vergeben.

Die hier sitzenden Marspacher waren Ministeriale des Bistums. Sie hielten die Burg über zweihundert Jahre lang. Auf Grund von Familienstreitigkeiten eroberten die Söhne Otto und Ortolf II 1267 die Burg und vertrieben ihren Vater. Der Streit konnte vom Passauer Bischof geschlichtet werden. Ortolf I verkaufte die Burg daraufhin an den Bischof von Passau. Seine Söhne sahen sich um ihr Erbe betrogen, so dass es nach dem Tode Ortolfs I wieder zu kriegerischen Auseinandersetzungen kam.

Ruhe trat erst wieder ein, als 1288 König Rudolf I die Herrschaft einzog und Herzog Heinrich von Bayern die Marsbacher mit Güter in Bayern abfand. Marsbach wurde wieder von den Bischöfen übernommen. Sie setzten Pfleger ein und verpfändeten es gelegentlich. In der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts übergab das Bistum die Burg Stefan Kraft als Leibgedinge. 1486 war sie im Pfandbesitz von Othmar und Mattheus Oberhaimer. Diese entwickelten sich zu gefürchteten Fehderitter, sodass 1520 das Räubernest Marsbach von Herzog Ernst von Bayern und den Passauer Bürgern erobert wurde. Nun wurden wieder bischöfliche Pfleger eingesetzt. Die Herrschaft wurde zum Verwaltungszentrum der bischöflichen Besitzungen im westlichen Mühlviertel.

Bischof Otto von Trenbach ließ zwischen 1561 und 1590 die bereits baufällige Burg mit Ausnahme des Bergfrieds abreißen und durch einen Neubau ersetzen. Dennoch wurde die neue Anlage 1610 vom Passauer Kriegsvolk erobert. Auch im oberösterreichischen Bauernkrieg von 1626 gelang es den Aufständischen die Besatzung zu überrumpeln, die dabei niedergemetzelt wurde. Die Burg wurde anschließend teilweise zerstört, aber bald wieder aufgebaut. Bis zur Säkularisation von 1803 blieb Marsbach bei den Passauer Bischöfen. Danach war es österreichisches Kammergut, wurde aber 1824 öffentlich versteigert. Nun kam es zu einem häufigen Besitzwechsel, der bis weit in das 20. Jahrhundert hinein andauerte. 1957/58 erfolgte eine durchgreifende Restaurierung und Modernisierung der Innenräume durch den damalige Besitzer Dipl. Ing. Norbert Mayer. Heute gehört die Burg Herrn Georg von Stradiot.

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