Mattighofen wird als Matagao 788 erstmals urkundlich erwähnt. An seiner Stelle befand sich ein agilolfingischer herzoglicher Wirtschaftshof, der nach der Absetzung der Agilolfinger als bayrische Herzöge von den Karolingern übernommen wurde. König Heinrich II schenkte 1007 die Burg dem Hochstift Bamberg. Dieses belehnte die Grafen von Ortenburg mit Mattighofen. 1400 verkauften die Ortenburger im Einverständnis mit dem Bistum Bamberg die Burg und Herrschaft an Konrad III von Kuchl. 1439 kaufte Herzog Heinrich von Bayern-Landshut die ausgedehnte Herrschaft und ließ sie meist von Pflegern verwalten. Zwischen 1463 und 1471 war Mattighofen an Johann Hollup zu Stockach verpfändet.

Von 1517 bis 1602 saßen hier wieder die Ortenburger. Graf Joachim von Ortenburg ließ um 1551 einen großangelegten Um- bzw. Neubau des Schlosses durchführen. Da die Ortenburger an die Lehre Luthers glaubten, nahm Herzog Max I von Bayern 1602 das seinerzeit vereinbarte Rückkaufrecht wahr und machte Schloss Mattighofen zum Sitz des Pfleggerichtes. Es blieb bis zur Abtretung des Innviertels an Österreich 1779 bayrischer Besitz. Danach wurde das Schloss von der kaiserlichen Hofkammer in Wien verwaltet. 1794 wurde es von Jakob Haidenthaler angekauft, der hier eine Brauerei einrichtete. Nach zwei Jahren erwarb es neuerlich die Hofkammer, die ab 1799 eine grundlegende Umgestaltung vornahm.

1868 wurde die Herrschaft vom k. k. Familienfonds des Hauses Habsburg gekauft. Das Gebäude wurde renoviert und diente nun als Jagdschloss. Nach dem Zusammenbruch der Monarchie wurde das Schloss dem Kriegsopferverband übergeben. 1939 wurde es vom Dritten Reich beschlagnahmt und von den Deutschen Reichsforsten verwaltet. 1945 nutzte die amerikanische Besatzungsmacht das Gebäude. 1947 erfolgte die Übertragung an die Österreichischen Bundesforste, die hier ein Forstamt einrichteten. 2007 kaufte die Stadtgemeinde Mattighofen das Gebäude. Im Jahr 2012 fand im Schloss die Landesausstellung statt. Seit 2013 befinden sich die Amtsräume der Stadtgemeinde, Veranstaltungsräumlichkeiten und ein Gastronomiebetrieb im Gebäude.

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