Die Burg wird erstmals 1165 erwähnt. Die ersten Besitzer der einst größten Burg des Mühlviertels waren die "Herren und Vögte von Perge". Sie fiel spätestens nach deren Aussterben 1191 an den babenbergischen Landesherrn. Wahrscheinlich gehörte die Burg zu jenen Gütern, die 1180 vom Babenberger Herzog Leopold V eingezogen und später wieder an Friedrich II von Perg als Lehen überlassen wurde.

1208 saßen Gumpold und Marquard von Mitterberg auf der Burg. Weitere Geschlechter auf Mitterberg waren insbesondere die Kapeller, Wallseer, die Zelkinger und Prüschenken. 1277 erhielt Ulrich II von Kapellen von König Rudolf I die Burg als landesfürstliches Lehen und etwas später zusätzlich das Landgericht Machland.

Hans I von Kapellen errichtete 1351 im inneren Burghof von Mitterberg eine Marienkapelle. Da Dorothea von Kapellen, eine der Töchter des letzten Kapellers Eberhard II, den Liechtensteiner Hartneid V heiratete, kam Mitterberg zunächst an diese und später an die Wallseer beziehungsweise die Zelkinger und verblieb bis zum Ende des 15. Jahrhunderts in deren Besitz. 1491 wurde ein kleinerer Teil der Herrschaft Mitterberg mit der teilweise schon zur Ruine verkommenen Burg vom Landgericht Machland abgetrennt und dem von Kaiser Friedrich III neu geschaffenen Landgericht Windhaag angegliedert. Der größere Teil der Herrschaft Mitterberg und das Landgericht fielen an die Brüder Sigmund und Heinrich Prüschenk. In Mitterberg blieb vorerst ein Pfleger. Schließlich wurde die Burg gegen Ende des 15. Jahrhunderts ganz aufgegeben und dem Verfall überlassen. Als 1564 mit dem Bau des Schlosses Pragthal begonnen wurden, diente die "öde Feste" als Spender für Baumaterial. Seit dieser Zeit ist Mitterberg eine Totalruine, zum Teil nur mehr ein Burgstall.

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