Wie bei den meisten Burgen ist auch bei Neuhaus das Entstehungsjahr nicht bekannt. Eine Untergrenze dürfte aber das Jahr 1168 darstellen, da damals die Hochfreien von Schönhering-Blankenberg dem Passauer Bistum das Land zwischen Donau und Großer Mühl schenkten.

Urkundlich erwähnt wird Neuhaus erst 1319, als die Schaunberger die Burg Herzog Friedrich von Österreich im Kampf gegen den Bayrischen Herzog zur Verfügung stellte. Um 1370 verschlechterte sich jedoch das Verhältnis der Landesfürsten zu den Schaunbergern. Neuhaus wurde rechtzeitig massiv ausgebaut. Es kam zu zwei Fehden der Schaunberger gegen die Habsburger. 1381 wurde die Belagerung der Burg durch landesfürstliche Truppen noch mit einem Vergleich beendet.

1383 wurde die Mauteinhebung in Neuhaus verboten. 1389 unterlagen die Schaunberger aber endgültig. Zwar konnte auch diesmal Neuhaus nicht erobert werden, doch musste Graf Heinrich die Oberhoheit der Habsburger anerkennen und Neuhaus als Lehen von Herzog Albrecht akzeptieren. 1478 überrumpelte Herzog Georg von Bayern die Besatzung von Neuhaus und nahm Graf Wolfgang von Schaunberg gefangen. Dieser war gezwungen, die Burg an den bayrischen Herzog abzutreten, der 1485 vom Bischof nachträglich mit ihr belehnt wurde. 1506 erhielt Kaiser Maximilian I Neuhaus als Dank für seine militärische Unterstützung vom Herzog von Bayern, doch verpfändete er es bereits 1516 an Dionys von Königseck. Die Familie Sprinzenstein erhielt Neuhaus 1536 zuerst als Pfand und 1591 als freies Eigen. 1583 entstand ein Brand, der großen Schaden anrichtete.

Beim Ausbruch des Bauernkrieges von 1626 wurde die Burg belagert, erobert und geplündert. Nach 1650 erhielten die Sprinzenstein auf Neuhaus die hohe Gerichtsbarkeit zuerkannt. In der Zeit danach setzte der große Umbau der Burg zum Schloss ein. 1720 fanden die Bauarbeiten ihren Abschluss. 1729 fiel die Herrschaft durch die Heirat der letzten Sprinzensteinerin auf Neuhaus an die Grafen von Thurn und Taxis. In den Franzosenkriegen wurde Neuhaus 1805 und 1809 von französischen Truppen besetzt. 1868 erwarb es Eduard Planck von Planckburg. Seit 1920 ist Neuhaus im Besitz der Familie Plappart von Leenheer. 1945 wurde es von amerikanischen und russischen Soldaten besetzt.

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