Auf Wunsch des Kaisers Friedrichs III ließ der damalige Pfandinhaber der Herrschaft und Mautpächter Lassla Prager von 1491 bis 1494 die kleine Turmburg auf einem Felsen im Fluss errichten.

Nach Pragers Tod löste Kaiser Maximilian I 1514 die Pfandschaft ein, doch durfte Pragers Witwe Pragstein bis zu ihrem Ableben bewohnen. Wegen der drohenden Türkengefahr ließ der Kaiser 1530 den bereits leer stehenden Bau wieder befestigen und mit Söldnern besetzen. Da die Pfandherren des 16. Jahrhunderts bequemere Wohnmöglichkeiten bevorzugten, wurde die Burg nicht sehr gepflegt, bis Georg Erasmus Tschernembl, der Herr auf Schwertberg und Windegg, 1603 die Pfandschaft übernahm und die Anlage wieder bewohnbar machte.

Sie ging 1612 an Veit Spindler von Hofegg über, doch gab sie dessen Sohn Johann an den Grafen Leonhard Helfrich von Meggau weiter. Bereits 1636 besaß er Pragstein als freies Eigen. Im Erbweg kam Friedrich Graf Cavriani in den Besitz der Herrschaft, die bis 1770 bei seinen Nachkommen blieb. Auf die Cavriani folgte Josef Gundaker Graf Thürheim. Als 1863 im Bereich von Mauthausen eine Uferregulierung vorgenommen wurde, stand die alte Mautfeste plötzlich nicht mehr in der Donau sondern am linken Flussufer. 1894 kaufte sie Leopold Heindl, der damalige Bürgermeister von Mauthausen. 1901 erwarb die Marktgemeinde das Gebäude, um es zur Verankerung der neu errichteten Drahtseilfähre über die Donau zu benutzen. Pragstein gehört nach wie vor der Marktgemeinde Mauthausen und beherbergt heute neben einigen Mietparteien die Musikschule sowie das örtliche Heimatmuseum.

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