Das Gebiet um Prandegg wurde 853 vom Grenzgrafen Wilhelm dem Kloster St. Emmeran in Regensburg geschenkt. 1287 heiratete Elisabeth Pranter den Leutwin von Sunnburg. Sie erhielt von ihrem Vater die halbe Burg Prandegg. Dieser wurde bereits 1237 erstmals urkundlich erwähnt. Die Herrschaft gehörte zur Hälfte dem Bistum Regensburg, das sie seinem Ministerialen Pranter als Lehen überlassen hatte. Die andere Hälfte war ein landesfürstliches Lehen.

1298 hatte Prandegg bereits drei Herren, Ulrich von Kapellen und Haug von Reichenstein teilten sich das regensburgische Lehen während Wernhard von Rußbach die landesfürstliche Hälfte besaß. Bis 1352 konnten die Herren von Kapell die einzelnen Anteile wieder vereinen.

Sie bauten die Burg nach Südosten hin aus und behielten die Herrschaft bis 1422, gaben sie aber 1368 als Afterlehen an Georg Tannbeck weiter. Eberhard von Kapell hatte sie 1422 seinen Töchtern, die mit Georg von Dachsberg bzw. Heinrich von Liechtenstein verheiratet waren, vererbt. Da Christoph von Liechtenstein auf der Seite des ungarischen Königs Matthias Corvinus stand und gegen Kaiser Friedrich III kämpfte, ließ dieser 1492 seinen Anteil konfiszieren. 1522 wurde die Familie Walchen von Arbing mit Anteil belehnt. Sie hatte bereits 1497 die andere Hälfte der Herrschaft erworben. Hilleprant Jörger kaufte 1557 Prandegg. Es gelang ihm die bisherige Lehenshoheit der Passauer Bischöfe durch Zahlungen abzuschütteln. Der bescheidene Wehrbau der Pranter hatte sich bis zum Beginn des 17. Jahrhunderts bereits zu einer der wehrhaftesten Burgen des Landes entwickelt. 1631 musste Ferdinand Jörger seinen gesamten Besitz an Gottfried von Schärffenberg verkaufen. Dessen Witwe heiratete 1636 Heinrich Reichard von Starhemberg, der Prandegg 1642 an Siegmund von Salburg veräußerte. Damals wurde die Burg auch von der landesfürstlichen Lehenschaft befreit.

1811 kam die Burg durch Erbschaft an Josef Carl von Dietrichstein. Sie war aber bereits in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts verlassen worden, was ihren Verfall zur Folge hatte. 1786 wurde sie bereits als Ruine bezeichnet. 1817 kaufte Michael Fink Prandegg und veräußerte es 1823 an den Herzog Ernst von Sachsen-Coburg-Gotha. 1945 hatte die russische Besatzungsmacht sämtliche Besitzungen der Herzöge im Mühlviertel als deutsches Eigentum konfisziert. Die Ruine und der dazugehörige Waldbesitz befinden sich seit 1958 wieder im Besitz der herzoglichen Familienstiftung. Um die Sicherung und Erhaltung kümmert sich seit 1964 ein örtlicher Burgverein.

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