Nach dem frühen Tod ihres einzigen Sohnes Gebhard gründeten Wernher und Dietburga von Reichersberg 1084 ein Kloster. Dazu ließ das Paar ihre bisherige Burg Reichersberg zum Kloster umwandeln.

Das Gebiet lag damals im Gebiet der Diözese Passau, aber auch im Einflussbereich des Salzburger Erzbischofs. Der Stifter Wernher war mit dem Salzburger Erzbischof Gebhard von Helfenstein verschwägert und bat diesen um Schutz für seine Gründung. Wernher starb vermutlich vor 1086. Nach dem Tod Wernhers wurden die Chorherren mehrmals vertrieben, der erste bekannte Propst Berwin (1110-1116) kehrte aus diesem Grund mit einem Teil der Chorherren nach Sachsen zurück. Auch der zweite Propst Gottschalk (1122-1132) konnte sich nicht halten.

Erst Propst Gerhoch (1132-1169) konnte das Stift zur ersten Blüte führen. Nach der Verhängung der Reichsacht über Salzburg brannte Heinrich von Baumgarten 1167 das Stift nieder. Gerhoch konnte erst 1168 zurückkehren und starb 1169 im zwar verwüsteten, aber für die Zukunft gut gerüsteten Stift. Die relativ kleine ursprünglich romanisch-gotische Klosteranlage fiel 1624 einem Brand zum Opfer und wurde im Laufe des 17. Jahrhunderts durch einen großzügigen barocken Neubau ersetzt.

1779 entging das bis dahin bayerische Stift der Säkularisation durch die Abtretung des Innviertels an Österreich, hatte aber in den folgenden Franzosenkriegen schwer um seinen Bestand zu ringen. Nachdem das Kloster in Administration gesetzt war, konnte es ab 1816 wieder ein reguläres klösterliches Leben mit allen Aktivitäten setzen. In der NS-Zeit musste das Stift eine Fliegerschule aufnehmen. Eine Aufhebung des Klosters konnte aber durch große Geschicklichkeit der Klosterleitung und mancher Helfer verhindert werden.

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