Die Geschichte der einstigen Burg reicht bis in das 12. Jahrhundert zurück. Sie befand sich damals im Eigenbesitz der steirischen Ottokare, die mit ihr die Herren von Pollheim belehnt hatten. Um 1330 werden Werner, Gottfried und Heimbert aus der Welser Linie dieser Familie als Burgherren genannt.

Werner und Gottfried verkauften ihre Anteile an Eberhard von Wallsee und Albero von Volkenstorf. Letzterer konnte schließlich alle Anteile erwerben. 1334 verkaufte er die Seisenburg an die Herzoge Albrecht II und Otto von Habsburg. Die Burg wurde nun meist als Pfand weitergegeben, zuerst an Dietrich von Harrach und dann an Jans von Capellen. Von 1359 bis 1435 hatten die Wallseer die Pfandschaft inne. 1460 erhielt Nabuchodnosar Nakenreuter die Burg als Leibgedinge.

Er entwickelte sich bald zum fehdelustigen Strauchritter, der seine Nachbarn terrorisierte, so dass der Landeshauptmann Reinbrecht V von Wallsee 1468 die Seisenburg belagern und einnehmen ließ. Beim Sturm wurde die Anlage schwer beschädigt. Sie lag auch noch in Trümmer, als 1518 Kaiser Maximilian I die Herrschaft seinem Kammerdiener Georg Vogel als Pfandbesitz übergab. Weitere Inhaber des 16. Jahrhunderts waren Wilhelm Kirchberger (1566) und Achaz Fenzl von Grueb (1580). 1605 begann Fenzl die noch weitgehend mittelalterliche Wehrburg in ein Renaissanceschloss umzubauen. Durch Heirat der Felizitas Fenzl mit Gottfried Engl gelangte die Seisenburg an die Familie Engl, die sie bis 1911 besaß. Siegmund Friedrich Freiherr von Engl ließ in den Jahren 1682 am Fuß der Burg ein Barockschloss errichten. Das noch brauchbare Mauerwerk der Burg wurde als Baumaterial verwendet. Von der Burg hat sich praktisch nichts erhalten. 1911 erbte Siegmund Graf Spiegelfeld-Schneeburg den Besitz. 1936 veräußerte Graf Spiegelfeld Seisenburg an Ing. Baron Lederer, was zum endgültigen Untergang führte.

Seit einigen Jahren versucht eine Gruppe engagierter Männer, die letzten Mauerreste des einst mächtigen "Seisenburg" zu erhalten. Die nur mehr als Steinhaufen zu erkennenden Überreste der Seisenburg wurden in den letzten Jahren von Geröll und Sträuchern befreit und in mühevoller Kleinarbeit die Mauerreste gesichert und wieder aufgebaut.

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