Bereits im Jahr 1167 wird eine Burg an der Stelle des heutigen Schlosses in Eferding erwähnt. Sie gehörte den Bischöfen von Passau und wurde von Burggrafen verwaltet. 1367 kauften Ulrich und Heinrich von Schaunberg dem geldbedürftigen Bischof Albert Stadt und Burg als ewiges Lehen ab.
Während der Schaunberger Fehde (1382 bis 1386) war Eferding an die verbündeten Rosenberger verpfändet. Es wurde von Reinprecht von Wallsee erobert, aber nach dem Friedensschluss den Schaunbergern als Lehen zurückgegeben. 1416 wurde die alte, noch von Wasser umgebene Veste geschleift und als "neue Veste"“ wieder aufgebaut. Graf Johann bestimmte sie zum Witwensitz für seine Gemahlin. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts verlegten die Grafen ihren Hauptsitz nach Eferding.
1559 starben mit Graf Wolfgang II die Schaunberger aus. Ihr Erbe kam über die Kinder seiner Schwester Anna an die Starhemberger, die auch heute noch Schlossherren in Eferding sind. Zur Zeit der Türkenkriege diente Stadt und Schloss Eferding als befestigter Fluchtort für die umliegende Bevölkerung. 1630 musste Erasmus II von Starhemberg seinen Besitz an seinen Hauptgläubiger Füll von Grünerzhofen verkaufen. Jedoch gelang es Johann Ludwig Graf von Starhemberg nach dem Aussterben der Grünerzhofer 1660 den Familienbesitz wieder zu erwerben. Zwischen 1687 und 1701 gehörte die Herrschaft Eferding Ernst Rüdiger Graf von Starhemberg.
1765 wurde Georg Adam I Graf von Starhemberg von der Kaiserin in den Fürstenstand erhoben. Er war es auch, der den Süd- und den Westflügel des Schlosses erbaute und das Innere neu gestaltete. Da die Starhemberger stets wichtige Ämter am Wiener Hof bzw. als Diplomaten im Ausland ausübten, war Eferding nicht der Hauptsitz der Familie und nur zeitweise bewohnt. Von 1938 bis 1945 war das Schloss von den Nationalsozialisten enteignet worden. 1956 mussten aus finanziellen Gründen große Teile der kostbaren Bibliothek und der Waffensammlung versteigert werden. Heute ist das inzwischen längst restaurierte Gebäude der Wohnsitz des Oberhauptes der Familie Starhemberg und ein wichtiges Kulturzentrum der Stadt. Seit 1962 beherbergt es zwei Museen.
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