An der Stelle der heutigen Strafanstalt war vermutlich eine keltische Niederlassung. Später stand dort eine römische Befestigungsanlage. Im 11. Jahrhundert waren große Teile des Gebietes am unteren Inn Besitz der Grafen von Formbach, die an der Stelle der Römerbefestigung in Suben eine Burg errichteten.

Um 1050 bzw. 1084 wurde die an diesem Ort bestehende Burg der Grafen von Formbach von Tuta, der Tochter des Heinrich von Formbach und Ehefrau des ungarischen Königs Béla I, zu einem Kollegialstift umgewandelt. Tutas Gründung verfiel bald wieder, bis der Sohn des Grafen Udalschalk von Formbach Bischof Altmann von Trient das Kloster 1126 neu gründete. Um 1144 übergab Bischof Altmann das Stift dem Salzburger Domkapitel.

Die Grafen von Schaunberg übten ab 1140 die Vogtei und Gerichtsbarkeit über das Kloster aus. Als der letzte Schaunberger, Graf Wolfgang II, 1559 verstarb, erhielt das Stift einen eigenen Hofrichter und die Klostersiedlung wurde zu einer Hofmark. Mit dem Innviertel kam Suben 1779 von Bayern zu Österreich. 1784 wurde das Stift Suben durch Kaiser Joseph II aufgehoben und dem Kloster Reichersberg zur Administration unterstellt. Die 23 Chorherren wurden in Pfarreien aufgeteilt oder pensioniert. So auch der letzte Propst, der bis zu seinem Tode 1789 im "leeren Kloster" lebte. Wesentliche Teile des Klosterbesitzes wurden daraufhin verkauft.

Das noch vorhandene Vermögen wurde 1792 dem neuen Bistum Linz zugeschlagen und diente als Realdotation für den Generalvikar. Nach dessen Tod zog der Staat die Herrschaft wieder ein. 1809 dienten die Klostergebäude als Lazarett für die französischen Truppen. Kaiser Napoleon schenkte es 1809 seinem Feldmarschall Carl Philipp von Wrede. Unter dessen Ägide trat ein großer Verfall der Stiftsgebäude ein. 1855 kaufte es der k.u.k. Strafhausfonds von der Familie Wrede zurück. Die Gebäude werden seit 1865 als Strafvollzugsanstalt genutzt, wobei zuerst die Frauenstrafanstalt Garsten hierher verlegt wurde. 1875 wurde eine Männerstrafanstalt eingerichtet, die heute noch besteht. 

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