An der Stelle der späteren Burg befand sich einst ein römisches Kastell. Zwischen 1040 und 1060 wurde die Burg erbaut, die damals eine der größten des Innviertels gewesen sein soll. Die Burg war der Stammsitz der aus Passau stammenden Uttendorfer. Die seit ca. 1120 in einer Vornbacher Tradition mit Sigehart urkundlich Freien von Uttendorf übten mindestens seit der Mitte des 13. Jahrhunderts landesgerichtliche Befugnisse aus. Sie sind 1290 mit Alram und Berchter im Mannesstamm ausgestorben. Des letzteren Tochter Kunnigund heiratete 1303 Ludwig Grans. Die letzte des Geschlechtes der Grans, Begina verkaufte 1461 die Burg und Herrschaft an Herzog Georg den Reichen von Bayern-Landshut.

Zur Zeit des bayerischen Erbfolgekrieges von 1503 bis 1505 war Uttendorf einige Zeit in den Händen der Anhänger Herzog Alberts. Schloss und Markt erlitten dabei schwere Schäden. 1534 schenkten die Bayernherzöge den Besitz der Bürgerschaft von Uttendorf. Von den bayerischen Herzögen wurden hier Pfleger eingesetzt. Von 1673 bis 1693 war es in den Händen des Johann Ignaz Freiherrn von Ahaim. Als weitere Besitzer sind Max Emanuel Graf von Ahaim (1709 bis 1742) und ab 1746 Josef Adam Graf von Ahaim anzuführen. Der letzte Pfleger hieß Laurenz Keilhofer. 1761 wurde das baufällig gewordene Schloss abgebrochen. 1795 der noch stehende Turm abgetragen und 1839 der Platz gänzlich eingeebnet.

Heute überdeckt ein Rasen möglicherweise noch vorhandene Grundmauerreste der Burg. Die als letzter Rest einer der größten Schlossanlagen des Innviertels stehende 1711 neu gestaltete Burgkapelle steht noch heute auf dem imposanten Burghügel (Schlossberg) von Uttendorf.

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