Der Überlieferung nach soll die erste Burg um 1290 von den Brüdern Heinrich und Eberhard von Wallsee erbaut worden sein. Urkundlich erwähnt wird sie allerdings erst 1380 im Lehenbuch Herzogs Albrecht III mit der Nennung von Purckhart der Waltpurger.

Zehn Jahre später kaufte der Herzog die Herrschaft. 1396 kam sie als Pfandbesitz an die Starhemberger, denen 1461 Hans von Plankenstein und danach Reinbrecht von Polheim als Pfandinhaber folgten. Während der Grenzwirren des Jahres 1474 wurde Waldenfels von böhmischen Truppen belagert. 1584 verkaufte Kaiser Rudolf II dem letzten Pfandinhaber, Joachim Stangl, die Burg. Dieser und seine Nachkommen ließen im wesentlichen die heutige Anlage errichten.

Die Stangls blieben bis 1636 im Besitz von Waldenfels. Danach kaufte Konstantin Grundemann von Falkenberg die Herrschaft. Sein Sohn brachte 1662 Waldenfels und Egeregg in einen Fideikommiss ein. Die Grundemann, die bereits um 1500 aus Brandenburg nach Oberösterreich gekommen waren, wurden 1696 in den Freiherren- und 1716 in den Grafenstand erhoben. Die Familie ist auch heute noch im Besitz des Schlosses. 1945 hausten vorübergehend russische Soldaten im Gebäude. Die daraus resultierenden Schäden wurden in den folgenden zwölf Jahren beseitigt. Seit 1636 ist Waldenfels im Besitz der Familie Grundemann von Falkenberg. Heute dient Waldenfels weiterhin als Familiensitz und in den letzten Jahren zunehmend als Veranstaltungsort.

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