Das Kloster wurde 1147 wie auch Kloster Baumgartenberg durch Otto von Machland in Säbnich gegründet und vor 1161 nach Waldhausen verlegt. Das durch die Hussiteneinfälle von 1424 bis 1432 teilweise zerstörte Stift wurde unter Propst Martin Leistenfreund wieder aufgebaut.

Im 16. Jahrhundert wurde die Vogtei an Anna von Prag verkauft. Von 1647 bis 1680 wurde unter Propst Laurentius Voss der früh-/hochbarocke Neubau durch Carlo Canevale errichtet. 1785 resignierte der letzte Propst Floridus Fromwald wegen wirtschaftlicher Schwierigkeiten und übertrug die Verwaltung an die Stifte St. Florian und Kremsmünster. 1792 hob Kaiser Leopold II das Stift auf, woraufhin die Herrschaft Waldhausen an das Domkapitel in Linz übertragen wurde.

1800 wurden Teile der Klostergebäude abgerissen und das Material zum Bau der Franzensburg in Laxenburg verwendet. Der große Stiftsbrunnen kam in den Prälatenhof von Stift Melk. Nur der nordwestliche Stiftstrakt mit den Arkaden und der Torturm blieben erhalten. In einer archäologischen Kampagne wurden im Jahr 2000 Teile der mittelalterlichen und frühneuzeitlichen Klosteranlage freigelegt. Die Gebäude wurden im Vorfeld der Oberösterreichischenen Landesausstellung 2002 restauriert und schrittweise einer adäquaten Verwendung zugeführt. Seit 2008 sind dort das Leader-Büro der Region Strudengau sowie das Leaderprojekt Individuell betreut Urlauben, die pfarrliche Betreuung untergebracht. Weiters wurden Wohnungen für betreutes Wohnen eingerichtet.

Weitere Informationen: Wikipedia