Die Herren von Wesen werden erstmals mit "Manegold de Wesen" 1116 urkundlich genannt. Sie waren Ministeriale der Passauer Bischöfe. Mit Erchengar von Wesen starb das Geschlecht 1322 aus. Er vererbte die Herrschaft seinem Neffen Hadmar von Waldeck. Dieser vermachte sie 1325 dem Hochstift Passau. Wesen wurde zuerst an die Schaunberger verpfändet und dann meist durch Pfleger verwaltet.

Im 15. Jahrhundert saß hier die Familie Albrechtsheimer. Sie hatte zuerst die Pflegschaft übernommen und konnte die Feste dann als Pfandbesitz halten. Achaz von Hohenfeld war mit der Schwester des letzten Albrechtsheimer verheiratet und übernahm nach dessen Tod 1533 die Herrschaft. Allerdings wurde dies vom Passauer Bischof nicht akzeptiert.

Wesen wurde von Herzog Ernst eingenommen und zerstört. Achaz wurde acht Wochen lang in Passau inhaftiert und kam erst nach einer Intervention des Königs Ferdinand I frei. Als er 1548 starb, übernahm Passau endgültig die Burg. Als das Bistum 1558 das Verwaltungszentrum für seine Besitzungen an der österreichischen Donau bevorzugte, verlor Wesen an Bedeutung und wurde dem Verfall preisgegeben. Mit der Säkularisierung des Bistums Passau kam Wesen 1803 an die Wiener Hofkammer. 1824 kam es zu einer öffentlichen Versteigerung und anschließend zu einer Zerstückelung der Herrschaftsgründe. In den 60er-Jahren des 20. Jahrhunderts erwarb der Architekt Dr. Karl Broser aus Hannover die Ruine und baute sie in einen Sommersitz um. Wesen ist auch heute noch Privatbesitz.

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