Die Burg wurde von Graf Rapoto I um 1140 erbaut. Urkundlich erwähnt wurde Wildeneck um 1190 als "Wildenekke", 1242 als "Wildenek", und 1286 als "castrum Wildenekk".

Graf Rapoto IV verkaufte die Burg 1286 an die Herzöge Stephan und Otto von Niederbayern. Um 1370 wurde das Mondseeland von dem bayerischen Landgericht Weilhart getrennt und ein eigenes Landgericht Wildeneck geschaffen. Die Burg wurde von Pflegern verwaltet, die gleichzeitig das Amt des Landrichters ausübten. Die Herrschaft Wildeneck wurde von den bayerischen Herzögen mehrmals verpfändet. Nach 1462 konnte das Kloster Mondsee den Besitz als Pfandherrschaft erwerben.

1506 wurde das Mondseeland von König Maximilian I gekauft und noch im selben Jahr an den Erzbischof von Salzburg weiterverkauft. Maximilian I behielt sich aber ein Rückkaufrecht vor. 1565 konnten die Stände im Land ob der Enns das Mondseeland zurück kaufen. Wegen der Verlegung des Landgerichtes nach Mondsee wurde die Burg bereits 1572, oder nach anderen Quellen erst nach dem Bauernaufstand um 1611 nicht mehr bewohnt und so dem Verfall preisgegeben. 1678 kaufte das Kloster Mondsee die Vogtei und Landgerichtsherrschaft. 1759 wurde das Salzburger Urbanamt von Regensburg zurückgekauft. Nach dem Frieden von Teschen 1779, der den bayerischen Erbfolgekrieg mit Preußen beendete, kam das Innviertel endgültig zu Österreich.

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