Heimatforscher vermuten, dass sich hier bereits im Altertum ein hölzerner Wachturm über der alten Römerstraße befunden hat. Die heutige Steinburg entstand aber vermutlich in der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts unter Erzbischof Eberhard II von Salzburg. Bis zu ihrem Aussterben zu Beginn des 14. Jahrhunderts hatten die Herren von Gutrat das Pfleggericht inne.

1325 übergab Erzbischof Friedrich die Veste Golling an Margarethe von Chuchel und ihren beiden Söhnen Konrad und Hartneid auf Lebenszeit. Damit scheint auch die Burg erstmals urkundlich auf. 1375 verkaufte Hartneid sein Leibgedinge an Erzbischof Pilgrim II von Salzburg. Die Burg dürfte auf Grund von Streitigkeiten über die Fischereirechte aber erst 1438 endgültig an den Erzbischof gefallen sein.

Von nun an setzte das Erzbistum nur mehr Pfleger auf der Burg ein. In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts kam es zu größeren Erweiterungen und Umbauten. 1526 wurde die Burg von einem Bauernheer überfallen und geplündert. Die schwer beschädigte Burg musste 1532 umfassend saniert werden. 1573 verursachten starke Regenfälle schwere Schäden an der Burg, so dass 1589 neuerlich mit umfangreichen Um- und Erweiterungsarbeiten begonnen werden musste. Es entstand ein weitgehender Neubau. 1599 beschädigte ein Blitzschlag den Schlossturm. Auch im 17. Jahrhundert wurde an dem Gebäude fast ständig gebaut. Während des großen Marktbrandes von 1619 wurden die Palisaden, die die Burg umgaben, niedergerissen, um ein Übergreifen des Feuers zu verhindern. Zwei Jahre später wurden sie durch eine Mauer ersetzt.

Mit der Säkularisierung des Fürsterzbistums Salzburg endete auch für Golling die bischöfliche Herrschaft. Von 1803 bis 1805 war das Land zusammen mit Eichstädt und Berchtesgaden ein Kurfürstentum, das von Großherzog Ferdinand von Toskana regiert wurde. Danach wurde Golling erstmals österreichisch. Zwischen 1810 und 1816 gehörte es zu Bayern. Danach wurde Salzburg aber endgültig Österreich zugeschlagen. Die Burg diente weiterhin als Verwaltungs- und Gerichtssitz. 1871 kam es zu einer durchgreifenden Instandsetzung des Baues. 1923 wurde das hier immer noch ansässige Bezirksgericht aufgelöst und die Burg zum Teil in Wohnungen aufgeteilt. Daneben hatten eine Zollwacheabteilung sowie eine Steueraufsichtsstelle hier ihre Amtsräume. 1971 richtete man in einigen Räumen das Heimatmuseum ein.

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