Karge Mauerreste etwas über dem heutigen Schloss zeugen von einem Vorgängerbau, über den es aber kaum Informationen gibt. Er war der Stammsitz der Herren von Neukirchen. Sie waren vermutlich ursprünglich Dienstleute der Grafen von Mittersill. Später zählte die Familie zu den Ministerialen der Salzburger Erzbischöfe.

1126 werden Herwich und Penno von Neukirchen genannt. Das heutige Schloss dürfte um die Mitte des 13. Jahrhunderts errichtet worden sein. Mit Georg von Neukirchen starb die Familie 1547 aus. Seine Erben veräußerten das Schloss 1558 an Erasmus und Christoph von Kuenburg zu Kuenegg. Diese brachten Neukirchen in einen Familienfideikommiss ein.

Der Kommiss bestand bis 1811. Obwohl noch in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts größere Bauarbeiten stattfanden, wurde das Schloss bald nicht mehr gepflegt und verkam zur bewohnten Halbruine. 1850 verkauften die nunmehrigen Grafen Kuenburg die Herrschaft an den Engländer Lindon. Als dieser Konkurs anmelden musste, wurde Hochneukirchen von den Salzburger Kaufleuten Duregger, Trauner und Saulich übernommen, die es aber bald weiterverkauften. Auch die nunmehr bäuerlichen Besitzer waren mehr am Grund und am Wald als am historischen Gebäude interessiert.

1874 kauft die Gemeinde Neukirchen das Schloss für den Armenfonds, der hier ein Armenhaus einrichtete. 1889 kam es unter die Leitung der Halleiner Schulschwestern und wurde zu einem Kranken-, Armen- und Versorgungshaus umgestaltet. 1958 erwarb die Gemeinde Neukirchen das Schloss und baute es zu einem Altenheim um. Heute befindet sich ein Atelier der Akademie-Wildkogel im Schloss, indem Photographie- und Malkurse abgehalten werden.

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