Am Gipfel des Festungsbergers dürfte aber bereits im späten 4. Jahrhundert ein kleiner römischer Wehrbau gestanden haben. Die erste Nachricht über eine Burg an diesem Ort stammt aus der Lebensbeschreibung des Erzbischofs Gebhart I von Helfenstein (1060 - 1088). Das damals erwähnte "castellum munitissimum" wurde um 1077 als Holzbau errichtet.

Erzbischof Konrad I von Abensberg (1106 bis 1147) baute Hohensalzburg zur romanischen Steinburg aus. Erzbischof Eberhard II von Regensburg konnte im 13. Jahrhundert Salzburg zum Fürsterzbistum aufwerten und die Macht des Salzburger Adels zu brechen. Erst im 15. Jahrhundert scheinen wieder umfangreiche Bauarbeiten auf Hohensalzburg eingesetzt zu haben.

Erzbischof Johann II von Reisberg (1429 bis 1441) baute eine um den Palas laufende Bastion. Kardinal Burkhart von Weisspriach (1461 – 1466) ließ zur Verstärkung der Ringmauer vier runde Türme errichten. Erzbischof Bernhard von Rohr (1466 – 1482) baute an der Südseite eine Bastei, erhöhte die Ringmauer und sicherte den östlichen Aufgang durch eine drei Meter hohe Mauer. Johann III Beckenschlager von Gran nahm ebenfalls seinen Wohnsitz auf Hohensalzburg, das er sich wohnlicher einrichten ließ. Der baufreudigste Erzbischof dieser Periode war jedoch Leonhard von Keutschach (1495 – 1519). Er machte aus Hohensalzburg einen noblen spätgotischen Regierungssitz. Er errichtete einen Rundturm, die Pfisterei und die Leonhardskapelle, wodurch der innere Schlosshof entstand. Auf ihn geht der Reiszug, ein 304 m langer Aufzug vom Nonnberg herauf, zurück.

In der Barockzeit verließen die Fürsterzbischöfe die unbequem gewordene Burg und zogen in die neuerbauten Lustschlösser. Die Bautätigkeit auf der Festung ließ vorübergehend stark nach. Diese diente nur mehr militärischen Zwecken und als Kerker. Im Dreißigjährigen Krieg gewann die Burg neuerlich an Bedeutung. Fürsterzbischof Paris Graf Lodron (1616 – 1653) beauftragte Santino Solari damit, aus der militärisch bereits veralteten Anlage eine moderne Festung zu machen.

Seit dem 18. Jahrhundert diente die Festung hauptsächlich als Strafanstalt für kriminelle Rechtsbrecher. Während der Napoleonischen Kriege hatte Hohensalzburg keine militärische Bedeutung mehr. Die Festung wurde den Franzosen kampflos übergeben. Nach der Säkularisation von 1803, musste das Bistum Salzburg auf den Anspruch eines souveränen Fürstentums verzichten. Wegen der anschließenden Verwahrlosung und eines Brandes von 1849 erfolgte 1851 eine umfangreiche Restaurierung. Hohensalzburg wurde 1861 als Festung aufgegeben und danach bis zum Ende des Zweiten Weltkrieges vorwiegend als Kaserne und Depot benutzt. In den Jahren 1951 bis 1981 erfolgte eine aufwändige statische Absicherung der gesamten Anlage. Während der 90er-Jahre des 20. Jahrhunderts fand eine umfangreiche Fassadensanierung statt, bei der die Festung ein wesentlich freundlicheres Aussehen bekam.

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