Der Zeitpunkt ihrer Erbauung ist urkundlich nicht gesichert, doch wird vermutet, dass sie 1077 im Laufe des Investiturstreites zwischen König Heinrich IV und Papst Gregor VII entstanden ist. Die Burghut wurde dem Ministerialen Ernst von Guetrat übertragen.

Anfang des 12. Jahrhunderts ließ Erzbischof Konrad I Graf Abensberg die Wehranlagen ausbauen und zusätzlich den Pass Lueg befestigen. Zu Beginn des 15. Jahrhunderts sah sich Erzbischof Eberhard III gezwungen, die Wehreinrichtungen der Festung der neu aufgekommenen Artillerie anzupassen. Im Bauernkrieg von 1525 konnten die Aufständischen die Burg kampflos einnehmen. Sie verwüsteten sie gründlich und richteten auch sonst große Schäden an.

Nach der Niederschlagung der Revolte verfügte Erzbischof Matthäus Lang den massiven Ausbau der Anlage. Unter Erzbischof Johann Jakob von Khuen-Belasy wurden die Ausbauarbeiten 1563 fortgesetzt und abgeschlossen. 1573 dürfte der große Palas in seiner heutigen Form errichtet worden sein. Auch in den nächsten Jahrhunderten wurden weiter Aus- und Umbauten vorgenommen. Der Abstieg der Burg begann mit dem 19. Jahrhundert. Während der Franzosenkriege wurden im Jahre 1800 alle Geschütze abgebaut und abtransportiert. Nachdem 1804 die Besatzung abgezogen worden war und keinerlei Instandsetzungsarbeiten mehr erfolgten, konnte Kaiser Franz I den Abbruch verhindern. Von 1809 bis 1816 überließ man Hohenwerfen dem Verfall. 1822 glich die einst stolze Feste fast einer Ruine.

Wenige Jahre später setzte sich Erzherzog Johann dafür ein, dass die militärisch längst nutzlos gewordene Festung zwischen 1824 und 1833 mit beträchtlichen Mitteln wiederhergestellt werden konnte. 1876 wurde Hohenwerfen an Graf Oswald Thun verkauft, der es als Jagdschloss benutzte. Als Erzherzog Eugen 1898 die Burg erwarb, war sie bereits wieder in einem schlechten Zustand. Er ließ sie renovieren und machte sie zu seiner Residenz. 1931 brach im Palas ein Brand aus, dem der Südtrakt mit den Fürstenzimmern zum Opfer fiel. Der Erzherzog ließ die Bauschäden bis 1932 beheben. Sechs Jahre später ging die Festung in den Besitz des damaligen Gaues Salzburg über. Während des Zweiten Weltkrieges wurde sie für Schulungszwecke verwendet. Von 1945 bis 1987 war Hohenwerfen Ausbildungsstätte der Österreichischen Bundesgendarmerie. Heute ist die Burg eine touristische Attraktion Salzburgs.

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