Die Gegend um Bärnegg gehörte um 1155 den Grafen von Formbach-Pitten. Ein erster Wehrbau dürfte Ende des 12. oder zu Beginn des 13. Jahrhunderts entstanden sein. Die Burg war freies Eigen von Gefolgsleuten der Formbacher Grafen und Mittelpunkt einer Rodungsherrschaft. 1250 wird ein Ulrich der Perner genannt. Die Burg wird 1316 erstmals erwähnt.

Wilhelm Perner zählte sowohl in der Baumkircherfehde von 1469 bis 1470 als auch im Ungarnkrieg von 1480 bis 1490 zu den Gegnern Kaiser Friedrichs III, was ihm den Verlust seiner Burg einbrachte. Bärnegg wurde vorerst verpfändet und trotz mehrfacher Gesuche seines Sohnes und seines Enkels nicht retourniert. Erst 1529 erreichte Niklas Perner nach Auszahlung einiger Gläubiger die Rückgabe der Burg.

Die Erbstreitigkeiten nach seinem 1550 erfolgten Ableben konnten erst 1567 beendet werden. Neue Besitzer wurden Michael Rindsmaul und seine Tante Rosine Erwentz. 1571 konnte Michael auch den Teil seiner Tante erwerben. 1679 wurde die Herrschaft durch Ludwig Graf Rindsmaul in einen Fideikommiss eingebracht. Siegmund Albrecht Graf Rindsmaul ließ 1728 das Schloss verschönern. 1798 kam Bärnegg durch Kauf an Dr. Ignaz Holler, in dessen Familie es fast ein Jahrhundert blieb.

1928 war es im Besitz des Friedberger Bürgermeisters Hutter und 1955 in dem des Holzhändlers Franz Doppler. Beide dürften aber eher am Wald bzw. an der Jagd interessiert gewesen sein, denn in dieser Zeit verkam das Schloss zu einer Ruine, bei deren Anblick man glauben könnte, dass sie bereits zur Türkenzeit verwüstet worden war. Bärnegg befindet sich nach wie vor in Privatbesitz.

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